|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Задание 1 Упражнение 1. При стандартных параметрах программа einverted вообще не выдавала комплементарных участков в "моей"(1N78.pdb) тРНК (последовательность РНК). Поэтому я ввела другие параметры(gap penalty:5, minimum score threshold:10, match score:6, mismatch score оставила -4) и получила два файла: в формате .inv и в формате .fasta. Упражнение 2. С помощью онлайн версии программы RNAfold я получила изображение вторичной структуры моей тРНК:
Задание 1 Упражнение 2 В данном задании необходимо было исследовать количество ДНК-белковых разной природы. Структура - 1I3J.pdb. Полярные атомы: N и O. Неполярные: C, P и S. Полярный контакт - когда расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК менее 3.5 А. Неполярный контакт - когда расстояние между неполярным атомом белка и неполярным атомом ДНК менее 4.5 А. Атомы воды не учитывались.
Из таблицы видно, что число неполярных контактов заметно больше числа полярных(полярные атомы азотистых оснований контактов вообще не образовали). Основную часть контактов составляют контакты с сахарофосфатным остовом ДНК, а контактов с основаниями очень мало. Можно заключить, что основная функция белка - это связывание с ДНК независимо от последовательности нуклеотидов, что странно, потому что это ДНК-связывающий домен эндонуклеазы, которые разрезают ДНК по специфичным сайтам. Возможно, за распознавание специфичной последовательности отвечает другой домен. Интересно, что количество контактов с большой бороздкой меньше, чем с малой - на 3d структуре видно, что белок сильно вытянут вдоль ДНК и его "хвост" лежит в малой бороздке. Рис.1(слева): ДНК и белок в картонной модели. Рис.2(справа): белок и ДНК в картонной и проволочной модели, красным выделены атомы остатка фосфорной кислоты, образующие полярные контакты с белком. Это пример нахождения ДНК-белковых контактов. Задание множеств атомов описано в специальном файле. В моем браузере приходится переводить кодировку в юникод, чтобы прочесть русский текст файла. Упражнение 3 С помощью программы nucplot я получила популярную схему ДНК-белковых контактов. На этой схеме видно, что, действительно, связей с азотистыми основаниями мало. Упражнение 4 Лидерами по количеству контактов с ДНК на схеме стали Arg168 и Asn175(у обоих 4 штуки). Arg168 при этом имеет контакт с азотистым основанием, поэтому его я выбрала, как наиболее важный для распознавания последовательности ДНК. Рис.3 Аспарагин Asn176 и его связи с гуанинами 7 и 8(DG7 DG8). Раскраска по атомам. Рис.4 Аргенин Asn168 и его связи с аденинами 48 и 49(DA47 Da49). Раскраска по атомам. На схеме nucplot в качестве контактов было отмечено наличие атомов белка и ДНК на расстоянии мене 3.35 ангстрем. Я выделила эти связи в программе Jmol - на рисунке они представлены белыми линиями с подписью длины связи. |