|
|
Разметка вторичной структурыДля выполнения этого задания я выбрала белок лизоцим 132L, использованный мной в предыдущем практикуме. Программе Stride я подала на вход pdb-файл, на выходе получила файл stride_result. В файле pdb найдено всего 7 вторичных структур: 4 альфа-спирали и 3 бета-листа (рисунок 1). Даже на рисунке 1 видно, что один из бета-листов очень короткий. Рисунок 1. Структура лизоцима. Красным раскрашены бета-листы, синим альфа-спирали, сиреневым петлевые участки Программа Stride же нашла в белке гораздо больше элементов вторичных структур: 5 бета-листов и 7 спиралей (рисунок 2). Рисунок 2. Графическая выдача программы Stride Итак, для сравнения разметки вторичных структур в pdb-файле и файле-stride я выбрала 2 бета-листа и 2 альфа-спирали. Нумерацию остатков и брала из PDB-файла, спираль, состоящую из альфа-спирали и (3-10)-спирали, считала как одну целую. Результаты представлены в таблице 1. Видно, что границы вторичных структур практически совпадают: вторая спираль оказалась на 1 остаток длиннее, а бета-лист под номером 4 на один остаток короче. Обе программы распознали бета-лист из двух остатков. |