Выравнивание

В ходе данного практикума было выяснено, как точечные и другие мутации в нуклеотидной последовательности влияют на последовательность белка.

Для выполнения заданий была скачена последовательность гена белка субъединицы А трансферазы глютаконата-КоА из бактерии Acidaminococcus fermentans. Ориентация и коррдинаты гена были взяты из практикума №6 первого семестра. Далее командой transeq mutatedCDS-n.fasta translated-n.fasta была получена белковая последовательность, которая совпала с исходной. Команда needle translated.fasta translated-n.fasta alignment-n.needle -auto позволила получить выравнивание и информацию о нем. Чтобы лучше визуализировать выравнивание была использована программа Jalview. Полученные изображения вместе с информацией о мутациях были внесены в таблицу. Ее можно скачать здесь.

При замене одного нуклеотида меняется соответствующая аминокислота, что не должно приводить к серьезным изменением структуры белка. Также не сильно меняют белок делеция или вставка нуклеотидов, число которых кратно 3. Полностью изменяется белок, когда меняется рамка считывания и в последовательности гена появляется триплет, кодирующий стоп-кодон. В этом случае будет образовываться пептид намного короче исходного с входящими в состав другими аминокислотами. В моем случае ни разу не встретилась синонимическая мутация, но она часто бывает, когда один нуклеотид замещается другим, но при этом белок кодируется тот же.