EMBROSS и протеомы.
В ходе данного практикума я познакомилась с несколькими командами из пакета программ EMBROSS, а также сравнила протеом Escherichia coli (strain K12) с протеомом Acidaminococcus fermentans DSM 20731.
С сайта Uniprot была получена последовательность белков, входящих в состав бактерии. Количество последовательностей было посчитано с помощью команд grep -c '>' coli.fasta и grep -c '>' fermentas.fasta, а потом сверено с данными на Uniprot. Полученные результаты представлены в таблице 1.
| Организм | ID протеома | Число последовательностей | Число аминокислот |
|---|---|---|---|
| Escherichia coli (strain K12) (Strain: K12 / MG1655 / ATCC 47076) | UP000000625 | 4352 | 1353357 |
| Acidaminococcus fermentans (strain ATCC 25085 / DSM 20731 / VR4) | UP000001902 | 2016 | 669530 |
С помощью команды wordcount -sequence coli.fasta -wordsize 1 -outfile colicount.fasta был получен файл с частотой каждой аминокислоты в протеоме вначале E. coli, а затем и A. fermentans. Далее с помощью программы Excel данные были обработаны. Файл можно скачать здесь . В таблице 2 приведены обработанные данные.
| Название остатка | A. fermentans % | E. coli % | Разность % |
| L | 10.151 | 10.676 | -0.525 |
| A | 9.038 | 9.507 | -0.469 |
| G | 8.165 | 7.366 | 0.799 |
| V | 7.309 | 7.07 | 0.239 |
| E | 6.522 | 5.762 | 0.76 |
| K | 5.95 | 4.407 | 1.543 |
| I | 5.818 | 6.011 | -0.193 |
| T | 5.447 | 5.395 | 0.052 |
| D | 5.394 | 5.147 | 0.247 |
| R | 5.32 | 5.52 | -0.2 |
| S | 5.044 | 5.799 | -0.755 |
| P | 4.255 | 4.429 | -0.174 |
| F | 3.864 | 3.894 | -0.03 |
| Q | 3.697 | 4.443 | -0.746 |
| N | 3.528 | 3.938 | -0.41 |
| Y | 3.255 | 2.845 | 0.41 |
| M | 2.87 | 2.825 | 0.045 |
| H | 2.025 | 2.269 | -0.244 |
| C | 1.313 | 1.162 | 0.151 |
| W | 1.037 | 1.532 | -0.495 |
Три самые частые (лейцин, аланин и глицин) и три самые редкие аминокислоты (гистидин, цистеин и триптофан) у объектов совпадают. Стоит отметить, что чаще всего встречаемые аминокислоты - это аминокислотные остатки с алифатическими неполярными радикалами, тогда как триптофан и гистидин имеют ароматический радикал, а цистеин способен образовывать дисульфидные мостики. Самая большая разница в пользу A. fermentans наблюдается у лизина(1.543%). Тогда как серина в протеоме E. coli больше на 0.755%. Поэтому можно сказать, что частота встречаемости аминокислот у данных объектов сильно не различается.