Практикум 13. Гомология белков

Для того, чтобы показать блоки в выравнивании гомологичных белков, я выбрала белок ATPA (альфа-субъединица АТФ-синтазы) различных организмов, в основном модельных. Мой белок - SYFB - на предмет участков, указывающих на гомологию, был изучен в предыдущем практикуме. Множественное выравнивание проводилось алгоритмом Muscle. Видно 10 блоков с высоким содержанием консервативных и фукционально консервативных остатков - мы с большой уверенностью можем сказать, что эти домены гомологичны. Также это можно подвердить разметкой доменов Pfam на нашем выравнивании (были взяты домены Pfam для ECOLI и HUMAN), при этом видно, что во многих случаях гомологичные домены совпадают у обоих организмов (за исключением участков гэпов) и с нашей разметкой блоков. Таже стоит заметить, что в случаях, когда блоки не совпадают с доменами Pfam, дело, скорее всего, в участках низкой сложности, которые воспринимаются как консервативные аминокислоты.

Ссылка на скачивание проекта JalView с множественным выравниванием ATPA.