Работа с Python в структурной биоинформатике
Задание 1. Prody и B-факторы часть 1
В задании 1 для PDB-структуры 7DLS небходимо с помощью Prody найти остатки, средний B-фактор атомов которых максимален (минимален) и исследовать их.
В моем белке остаток с максимальным средним B-фактором это PRO-202 (рис. 1), его B-фактор 95.47. Он находится на подвижной поверхностной цепи, не входит во вторичные структуры. Остаток с минимальным средним B-фактором это ALA-337 (рис. 2), его B-фактор 17.138. Он находится практически в центре белка, близко к сайту связывания лиганда, в последовательности аминокислот между двух альфа-спиралей.
Задание 2. Prody и B-факторы часть 2
В задании 2 для каждого остатка структуры 7DLS небходимо с помощью Prody вычислить средний B-фактор по атомам и его центр масс. Для каждого остатка также необходимо вычислить расстояние от его центра масс до центра масс всего белка и построить scatter plot зависимости B-фактора от расстояния до центра белка. На рисунке 4 представлен соответствующий график. Зависимость выделить не удаётся, но можно сказать, что остатки с высоким B-фактором обычно находятся в отдалении от центра масс белка. Скорее всего это объясняется тем, что внутренние домены белка очень редко бывают подвижными, а вот на периферии глобулы подвижные элементы (петли) встречаются часто. Периферийные элементы могут быть и малоподвижными (например, находиться на краю глобулы, но в жёсткой вторичной структуре), поэтому обратное неверно. Ещё подвижность боковых цепей отдельных аминокислот может определяться окружением растворителем, в котором они могут свободно колебаться. Доступ растворителя для отдельных аминокислот также будет проще на периферии глобулы и затруднен в её центре. Стоит также сказать, что центр масс не всегда будет однозначно определять центр белковой глобулы, например для типа строения "бочонок" это не так, что стоит учитывать при анализе.
Задание 3. Восстановление функции электронной плотности по экспериментальным данным.
Отчёт по заданию 3 на отдельной странице HTML.