Поисковые системы: PubMed

Данный практикум посвящён получению некоторых навыков, связанных с использованием поисковой системы PubMed. Что же это такое ?
PubMed - поисковая система, использующаяся для поиска по MEDLINE - базе научной биологической и медицинской периодики. В этой базе данных представлены статьи на английском языке, затрагивающие большой спектр различных областей биологических и медицинских наук. На данный момент количество записей базы оценивается в 23 миллиона, около полумиллиона статей добавляется ежегодно.

Каждому студенту был выдан белок, участвующий в процессах внутриклеточной регуляции. Моими белками стали две киназы, регулируемые внешними для клетки факторами, индуцирующими деление - митогенами (Extracellular signal-regulated kinases): ERK1 и ERK2. В таблице 1 представлены некоторые результаты поиска PubMed.

Таблица 1. Запросы PubMed и их результаты

Запрос	Search Details	Всего находок	Из них в откр. доступе	Из них обзоров
Extracellular signal-regulated kinases[Title]	Extracellular signal-regulated kinases[Title]	337	59	9
(Extracellular signal-regulated kinases[Title]) AND pathway[Title]	Extracellular signal-regulated kinases[Title] AND pathway[Title]	21	3	1
(Extracellular signal-regulated kinases[Title]) AND function[Title/Abstract]	Extracellular signal-regulated kinases[Title] AND function[Title/Abstract]	26	26	2
(Extracellular signal-regulated kinases[Title]) AND apoptosis[Title/Abstract]	Extracellular signal-regulated kinases[Title] AND apoptosis[Title/Abstract]	32	31	1
(Extracellular signal-regulated kinases[Title]) AND cancer[Title]	Extracellular signal-regulated kinases[Title] AND cancer[Title]	10	6	1

Я считаю, что по соотношению параметров третий запрос является наиболее подходящим. Приведена ССЫЛКА на библиотеку со статьями и обзорами, посвящёнными белкам ERK1/2.

В качестве примера экспериментальной статьи, которая посвящена изучению ERK, приведу краткое содержание статьи:

• A novel natural inhibitor of extracellular signal-regulated kinases and human breast cancer cell growth. [Новый природный ингибитор киназ, регулируемых внеклеточными сигналами, и роста раковых клеток при раке груди.]

Авторы: Ernest B. Izevbigie, Joseph L. Bryant and Alice Walker
Информация о публикации: Experimental Biology and Medicine 2004, 229:163-169.

Введение: Рак груди является наиболее распространённым типом рака среди женщин, на его долю приходится до 30% всех случаев диагностирования злокачественных опухолей. Несмотря на некоторое уменьшение уровня смертности и встречаемости рака этого типа, разработка новых препаратов для химиотерапии остаётся актуальной. В силу ряда причин особый акцент делается именно на средства растительного происхождения. В данной статье рассматривается воздействие экстракта одного из видов вернонии (Vernonia amygdalina) на пролиферацию клеток рака груди (линия MCF-7) и активность киназ, регулируемых внеклеточными сигналами (ERK).

Материалы и методы:

Для проведения исследований использованы следующие материалы:
• Фильтрат экстракта из листьев Vernonia amygdalina, собранных в городе Бенин-сити в южной Нигерии.
• Культура клеток MCF-7, растущая на среде RPMI 1640 в увлажняемом инкубаторе.

В работе были использованы следующие экспериментальные методики:
• Исследование синтеза ДНК с использованием [³H]-тимидина.
• Исследование пролиферации клеток; подсчёт на хемоцитометре.
• Изучение влияния экстракта на количество MAPK (митоген-активируемых киназ): лизис клеток, центрифугирование, электрофорез в ПААГ.
• Вестерн-имуноблоттинг: обработка нитроцеллюлозной мембраны, на которую перенесены белки с геля, первичными (Phospho-Elk-1) и вторичными антителами, проявление с помощью радиографии.
• Статистическая обработка результатов: t-критерий, критерий Ньюмана-Кейлса.

Результаты:

• Экстракт Vernonia amygdalina ингибирует синтез ДНК. Максимальная использованная концентрация демонстрировала 20-кратное уменьшение в количестве синтезируемой ДНК. Показана зависимость силы ингибирования от концентрации субстрата.
• Экстракт Vernonia amygdalina ингибирует клеточный рост в культуре раковых клеток. На рисунке 1 представлены результаты подсчёта клеток культуры на хемоцитометре после 24-часового инкубирования в присутствии различных концентраций экстракта.
• Влияние на ERK. Как показано на рисунке 3, была выявлена зависимость между концентрацией субстрата и активностью ERK. Угнетение активности при наиболее высоких концентрациях доходило до 40%.
• Сравнение с другими растительными противораковыми препаратами. Согласно проанализированной литературе всего известно 14 других растительных препаратов, активности которых измерялись на линии раковых клеток MCF-7. Активность ингибирования исследуемым экстрактом показала в 17 раз более хорошие результаты чем лучший из них и в 170 раз более хорошие чем худший.

Рис. 1 Результаты опыта по проверке ингибирования митоза. Видно, что при увеличении концентрации экстракта происходит достоверное уменьшение числа клеток. (*P<0.05, **P<0.001)	Рис. 2 Результаты опыта по угнетению деятельности MAPK. Радиографический анализ при имуноблоттинге: при увеличении концентрации экстракта площадь пятна уменьшается.