Проекты по семестрам

1. Проект "Белок". Цитратсинтаза (из Bacillus subtilis). Часть 1.
   • Краткое описание белка
   • Внутримолекулярные взаимодействия внутри структуры цитратсинтазы
   • Описание области контакта белка и лиганда (кофермент А) в структуре цитратсинтазы


2. Проект "Бактерия". Halotiobacillus neapolitanus
   • Краткое описание бактерии

1. Проект "Белок". Цитратсинтаза (из Bacillus subtilis). Часть 2.
   • Выявление ортологов и сравнение с ними.
2. Проект "Описание программ и интернет-ресурсов"
   • Описание программ
   • Поисковые системы: SRS
   • Поисковые системы: PubMed
3. Проект "Последовательности белков и их выравнивания"
   • Парное выравнивание белковых последовательностей
   • Алгоритмы выравнивания в применении к белку CISY_BACSU
   • BLAST
   • Множественное выравнивание
   • Паттерны и банк PROSITE
   • Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro
   • Поиск мотивов, программы MEME и MAST
   • PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)

1. Проект "Строение нуклеиновых кислот"
   • Химическое строение нуклеиновых кислот
   • Пространственное строение нуклеиновых кислот
   • Комплексы ДНК с белками
2. Проект "Банки последовательностей нуклеиновых кислот"
   • Нуклеотидные банки данных
   • Онлайн BLAST
   • Standalone BLAST
   • EMBOSS
   • Геномные браузеры

1. Проект "Построение филогенетических деревьев"
   • Что такое филогенетическое дерево?
   • Реконструкция филогенетического дерева
   • Алгоритмы реконструкции деревьев. Укоренение и бутстреп.
   • Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья, содержащие паралоги.
2. Проект "Функции белков"
   • Классификация ферментов (EC)
   • Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)
   • Функциональная роль гена в подсистеме (GO,SEED)
   • Особенности мембранных белков
3. Проект "Домены и их эволюция"
   • Эволюционные домены (занятия 9 и 10)
   • Профили HMM (Hidden Markov Model)

Седьмой семестр