Поисковые системы: SRS (Sequence Retrieval System)

Некоторые особенности цитратсинтазы I, найденные с помощью поисковика SRS

• В 307-ом аминокислотном остатке белка известен сайт мутагенеза: при замене глутаминовой кислоты, в норме занимающей это положение, на аспарагиновую наблюдалось пятикратное увеличение активности фермента.
• Преимущественным типом вторичной структуры для моего белка является альфа спираль: в белке их насчитывается 18 штук, бета-листы сравнительно редки - их всего 4, а также они очень короткие (12-20; 25-28; 86-88; 353-356). При возникновении водородных связей между этими участками формируется единая структура складчатого листа, участвующая, предположительно, во взаимодействии между участками. Последовательности бета-слоёв
• В последовательности белка приведена информация о наличии четырёх поворотов (TURN) в структуре. Три из них состоят из трёх аминокислот, взаимодействующих особым образом (последовательности: STE, VAG, AEN). Четвёртый же, представленный четырьмя аминокислотами, является так называемым бета-поворотом. Это участок, соединяющий концы двух соседних антипараллельных бета-слоистых структур (последовательность: GEKG).

Поиск всех трёхмерных структур по базе PDB

Найдена всего одна запись PDB: 2C6X
Файл: Развёрнутая запись белка в PDB

Таблица встречаемости в SwissProt белков из Firmicutes, имеющих функцию, сходную с функцией белка цитратсинтазы 1 из Bacillus subtilis

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Синтаза цитрата и всё с ней связанное	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:Citrate*] & [swissprot-Description:synthase*]))	6
Трансфераза, осуществляющая синтез цитрата	(([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:Citrate*] & [swissprot-Description:synthase*])) & [swissprot-Keywords:Transferase*])	5

Добавление в формулировку вопроса слова "трансфераза" позволяет найти только белки-ферменты, в то время как ещё один найденный в первом запросе белок был транскрипционным регулятором, работа которого связана с синтезом цитрата.

Сохранение последовательностей гомологичных белков

Сохранено 5 записей гомологичных белков из Firmicutes, которые принадлежат к бактериям из двух родов и трёх видов (Bacillus subtilis, Bacillus coagulans, Streptococcus mutans).
Файл: Cохранённые последовательности

Краткое описание гомологичных белков

Описание найденных записей для белков-гомологов приведено в следующей таблице.
Файл: Краткое описание записей гомологов

Ответы на некоторые вопросы о базе данных Swissprot

• Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?
  

  Название таксона	Количество записей	Название таксона	Количество записей
  bacillaceae	17912	bacillariophycidae	125
  bacillales	35794	bacillariophyta	392
  bacillariaceae	6	bacilli	55133
  bacillariales	6	bacillus	23118
  bacillariophyceae	125

  Стоит заметить, что найдены не только таксоны различного ранга, связанные с бациллами, но и такие как bacillariophyceae - диатомовые водоросли.


• Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus?
  Как следует из вышеприведённой таблицы, таких записей насчитывается 23118.


• Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes?
  Таких записей в банке Swissprot насчитывается 68230.

Записи Swissprot, связанные с именем А.А.Нейфаха

В изучаемой базе данных по запросу: ([swissprot-Authors:Neyfakh*] > parent) обнаружено 6 записей, в которых одним из авторов первой публикации является А.А.Нейфах. Краткие сведения о них приведены в таблице:

Судя по названиям белков, записи которых приведены выше, Нейфах изучал в том числе и механизмы устойчивости микроорганизмов к различным лекарственным препаратам (drug resistance). Кроме того, в некоторых источниках указывается на такие области деятельности Нейфаха, как:

• ядерно-цитоплазматические отношения в раннем развитии,
• генетический контроль синтеза белков в эмбриогенезе,
• радиационная инактивация ядер в развитии,
• генетика скорости эмбриогенеза.