Описание программ

EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite)

EMBOSS - свободно распространяемый пакет программного обеспечения, специально разработанный для нужд молекулярных биологов. Пакет способен работать с данными в различных форматах, в том числе используя данные баз данных Интернета.

Команда infoseq:

1. Описание команды: в ответ на введённый в командную строку запрос, содержащий название базы данных и идентификатор, команда infoseq возвращает информацию о последовательности полимера (белка либо нуклеиновой кислоты), которая содержит такие сведения как: универсальный код последовательности, базу данных, название, длину последовательности и описание гена/белка.
2. Задание параметров команды:
infoseq {название базы данных}:{идентификатор последовательности}_{название организма}



Параметр	Описание
-outfile {file}	перенаправляет результат действия в файл {file}
-html	позволяет представить результат действия программы как таблицу HTML
-[no]columns	включение/выключение вывода информации в виде колонок таблицы
-only {parameter} -usa -database -name -type -length -description -organism -pgc	позволяет выводить не всю информацию, а только необходимые пункты {parameter} вывод Uniform Sequence Address - универсального кода последовательности вывод названия базы данных вывод названия гена/белка вывод типа последовательности (белковая/нуклеотидная) вывод длины последовательности вывод описания последовательности вывод названия организма вывод процента GC пар (для нуклеиновых кислот)
-help	сообщает информацию о команде и её дополнительных опциях



3. Примеры использования команды:
   Запрос: infoseq -html sw:cisy_bac* (поиск по базе SwissProt последовательностей цитратсинтаз внутри рода Bacillus) Результат:

   USA	Database	Name	Accession	Type	Length	Organism	Description
   sw-id:CISY_BACSU	sw	CISY_BACSU	P39119	P	366	Bacillus subtilis (strain 168)	Citrate synthase 1 (2.3.3.1) (Citrate synthase I)
   sw-id:CISY_BACCO	sw	CISY_BACCO	P27660	P	373	Bacillus coagulans	Citrate synthase (2.3.3.1)

   
   Запрос: infoseq -only -name -length -usa -description sw:AQPZ_ECOLI
   Результат:
   USA Name Length Description
   sw-id:AQPZ_ECOLI AQPZ_ECOLI 231 Aquaporin Z (Bacterial nodulin-like intrinsic protein)

---

Bash (Bourne again shell)

Bash — командный процессор, представляющий собой усовершенствованную и модернизированную вариацию командной оболочки Bourne shell. Работает в интерактивном режиме в текстовом окне, способен к работе со скриптами. Является одной из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX.

Всего в Bash используется три разных стандартных потока:

• 0 - stdin стандарный входной поток
• 1 - stdout стандарный выходной поток
• 2 - stderr выходной поток ошибок

Вывод данных может производиться не только в интерфейс программы, но и в файл, и в программу (выводной поток одной программы становится потоком входных данных для другой).

Оператор	Описание
>{file}	Перенаправляет результат действия в файл {file}. Если файла нет, он создаётся, если есть - перезаписывается.
>>{file}	Перенаправляет результат действия в файл {file}. Если файла нет, он создаётся, если есть - дописывается.
<{file}	Входные данные для работы команды берутся из файла {file}.
{programm1}|{programm2}	Выходной поток {programm1} становится входным для {programm2}
1>{file}	в файл перенаправляется только стандартный выводной поток
2>{file}	в файл перенаправляется только выходной поток ошибок

Примеры использования:
1)w > file1 - записать всех подключённых пользователей в файл file1 текущей директории
2)less file1 | wc -l - посчитать количество строк в файле file1, используя перенаправление вывода его содержимого в команду подсчёта строк

Некоторые освоенные спецсимволы:

• / - корень файловой системы
• ./ - текущая директория
• ~/ - домашняя директория
• ../ - родительская директория
• ? - один любой символ
• * - Любое количество любых символов