Что такое филогенетическое дерево?
Отобранные бактерии
Из предложенного списка бактерий отдела Firmicutes были отобраны следующие 7 видов бактерий, для которых в таблице ниже приведены полное латинское название и краткое, принятое для записи названий белков из этих бактерий в банке Swiss-Prot:Название | Мнемоника |
Bacillus anthracis | BACAN |
Clostridium botulinum | CLOB1 |
Enterococcus faecalis | ENTFA |
Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
Lactobacillus delbrueckii | LACDA |
Listeria monocytogenes | LISMO |
Streptococcus pneumoniae | STRPN |
С использованием приведённого в задании филогенетического дерева было построено дерево для выбранных бактерий. Сначала была записана его скобочная форма:
(CLOB1, ((LACDA,(ENTFA,STRPN)),(LISMO,(BACAN,GEOKA)))),
а затем с помощью программы Mega файл со скобочной формулой и расширением tre был открыт с получением графического изображения искомого дерева.
Рис. 1 Графическое изображение построенного дерева. |
В данном дереве из семи листьев присутствуют четыре нетривиальные ветви (то есть такие, что делят дерево на подмножества листьев, в каждом из которых содержится более одного элемента). Вот они:
1){BACAN,GEOKA}vs{LISMO,ENTFA,STRPN,LACDA,CLOB1}
2){BACAN,GEOKA,LISMO}vs{ENTFA,STRPN,LACDA,CLOB1}
3){BACAN,GEOKA,LISMO,LACDA,CLOB1}vs{ENTFA,STRPN}
4){BACAN,GEOKA,LISMO,CLOB1}vs{LACDA,ENTFA,STRPN}
Дата последнего обновления: 12.02.2013
© Dmitry Travin, 2014