Классификация ферментов (EC)

Сбор информации о ферменте

Фермент, с которым я буду работать в данном практикуме, имеет код Uniprot P60891. Воспользовавшись сайтом Enzyme Nomenclature (http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/), определим название фермента, его EC-код, ферментативные активности, соответствующие каждой из четырёх чисел кода:

• EC=2.7.6.1
• [2.7.6.1] - класс Трансферазы
• [2.7.6.1] - подкласс Трансферазы, переносящие группу, содержащую фосфор
• [2.7.6.1] - подподкласс Дифосфотрансферазы
• [2.7.6.1] - Рибозо-фосфат дифосфокиназа

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

C помощью SRS был проведён поиск ферментов человека, которые относятся к тому же классу, подклассу и т.д., что и рассматриваемый фермент EC=2.7.6.1.

Результаты поиска:

• 2.*.*.* - 1460 записей
• 2.7.*.* - 916 записей
• 2.7.6.* - 4 записи
• 2.7.6.1 - 3 записи (Рибозо-фосфат дифосфокиназы I,II и III типов)

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

C помощью Uniprot получены два файла: последовательности всех белков мыши класса трансфераз в fasta-формате (ССЫЛКА) и таблица, где указаны ID ферментов-трансфераз мыши и их полный EC-код. (ССЫЛКА).
Всего найдено 1737 трансфераз мыши, среди них 899 имеют EC-код 2.7.*.*, три фермента 2.7.6.*, а два соответствуют рассматриваемому во всех четырёх позициях ЕС-кода.

Далее был проведён BLAST последовательности P60891 против полученного файла с последовательностями всех трансфераз мыши. Основываясь на его результатах, можно сказать, что достоверными гомологами P60891 будут лишь два белка мыши, имеющие в точности такой же код ЕС - рибозо-фосфат дифосфокиназы I и II типов. Эти ферменты имеют e-value 0.0 и Identity 100 и 96% соответственно. Остальные же трансферазы, во-первых, выравниваются с исходным белком лишь по малой части последовательности (3-40% Query Cover), а во-вторых, имеют сравнительно высокие показатели e-value (0,002 и более).

Вывод: таким образом, гомологами рассматриваемого фермента человека можно считать два белка мыши: Q9D7G0 и Q9CS42, которые имеют такой же EC-код, а, следовательно, катализируют идентичную реакцию.