Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

Участие выбранного фермента в метаболических путях

Для фермента рибозо-фосфат дифосфокиназы, работа с которым началась на прошлом практикуме, был определён идентификатор в базе KEGG: hsa:5631. На странице, соответствующей данному идентификатору, были получены следующие данные о путях (картах), где задействован данный фермент:

• hsa00030 - Pentose phosphate pathway - Пентозофосфатный шунт
• hsa00230 - Purine metabolism - Метаболизм пуриновых оснований
• hsa01230 - Biosynthesis of amino acids - Биосинтез аминокислот
• hsa01200 - Carbon metabolism - Метаболизм углерода
• hsa01100 - Metabolic pathways - Все метаболические пути

В качестве примера приводится одна из карт метаболических путей с участием рибозо-фосфат дифосфокиназы: ССЫЛКА.

Поиск в KEGG структурных формул заданных соединений

Для двух заданных веществ были получены записи KEGG LIGAND. Результаты приведены ниже в таблице:

Название вещества	Идентификатор	Формула
L-лизин (L-lysine) - 2,6-диаминогексановая кислота	C00047
L-аспартат (L-Aspartate) - аминобутандиовая кислота	C00049

Поиск метаболического пути от одного заданного вещества к другому

Для приведённых выше соединений был проведён поиск по KEGG в разделе KEGG PATHWAY. Были найдены те пути, где фигурируют оба соединения. На приведённой картинке исходное соединение показано красным, конечный продукт зелёным, а интермедиаты жёлтым. Путь имеет направление, так как первые стадии необратимы.

• карта: биосинтез лизина
• путь: L-аспартат --> L-лизин

Рис.1 Схема ферментативного пути биосинтеза L-лизина из L-аспартата.