Создание изображений поверхностей
Для комплекса структуры 1WET, где содержится информация о пространственном строении комплекса пуринового репрессора с ДНК был создан ряд изображений, отражающих пространственные контакты между макромолекулами. Перед построением изображений была применена команда symexp для получения второго мономера в димере. Для создания поверхности использовалась команда выделения
select contacts, (1WET1 w. 5 of 1WET2) and !(chain B) Полученные изображения и описания к ним приведены ниже на рисунках 1-4.
 |
 |
Рис. 1 (слева) Общий вид димера пуринового супрессора в комплекса с ДНК. Мономеры покрашены синим и красным цветами.
Рис. 2 (справа) Изображение поверхности контакта мономеров (порог 5Å был выбран, чтобы учесть все возможные взаимодействия) на фоне остовного (ribbons) изображения мономеров. Мономеры показаны красным и синим, поверхность раскрашена в соответствии с типом атома. |
 |
 |
Рис. 3 (слева) Поверхность контакта димера репрессора с молекулой ДНК. Раскраска по цвету атома, димер представлен остовной моделью (раскраска синим и красным), ДНК показана оранжевой спиралью.
Рис. 4 (справа) Поверхность взаимодействия двойной спирали ДНК с димером репрессора на фоне проволочной модели самой спирали (sticks). Раскраска в соответствии с типом атома. Порог 5Å. |
Определение поверхности атомов, входящих в гидрофобный кластер на интерфейсе мономеров
Из PyMol была произведена выгрузка файла PDB, содержащего последовательности А-цепей репрессора (не ДНК). Далее они были переименованы, чтобы можно было их различать, были удалены гетероатомы. С помощью программы Clud были найдены гидрофобные кластеры (более 10-ти атомов) на интерфейсе мономеров в пуриновом репрессоре (структура 1WET). Результат поиска представлен на рисунке 5.
 |
Рис. 5 Поиск гидрофобных кластеров в районе контакта двух мономеров структуры 1WET. Показаны кластеры размером более 10 атомов. Порог поиска был задан равным 5Å. Мономеры показаны разными цветами, ДНК не представлена. |
Далее из выдачи программы Clud были извлечены координаты атомов, входящих в состав обнаруженных гидрофобных кластеров на поверхности контакта мономеров. В результате ряда хитрых операций была сформирована команда
[ССЫЛКА], распознаваемая PyMol для задания координат атомов гидрофобных кластеров в составе файла, в котором я оставил только две необходимые цепи димера, переименовав их А и B
[ССЫЛКА]. На рисунке 6 представлены участки поверхности гидрофобных кластеров, участвующие во взаимодействии субъединиц димера пуринового репрессора.
 |
Рис. 5 Красные участки общей поверхности контакта (порог 5 Ангстрем) есть участки поверхности атомов в составе гидрофобных кластеров. Кластеры на интерфейсе цепей определены с помощью Clud. Точками показаны атомы в составе кластеров. |