Использование сайта PDB

Задание 1: Скачать все последовательности белков, структуры которых определенны при помощи метода электронной микроскопии

Для того чтобы получить все такие последовательности, я зашёл в раздел Advanced Search на сайте PDB и выбрал там в разделе Experimental Method вариант ELECTRON MICROSCOPY. Всего с помощью этого метода получено 929 различных структур (PDB Entries). Затем последовательности всех белков были скачаны в виде единого FASTA-файла, который доступен по ССЫЛКЕ.

Задание 2: Пара белков, для которых гибкое структурное выравнивание включает существенно больше остатков, чем жесткое

Была подобрана пара белков аполактоферринов, известных тем, что в процессе своей работы эти белке претерпевают серьёзные конформационные изменения со структурами 1lfh (цепь A) и 1lfg (цепь А). Для них было проведено жёсткое и гибкое выравнивание с использованием Desktop-приложения от jFatCat. Результат выравнивания (пространственное наложение структур) представлено на рисунке 1.

Результаты: выравнивания [ЖЕСТКОЕ] и [ГИБКОЕ].

• Гибкое выравнивание: RMSD: 0,89; процент совмещённых остатков: 99%
• Жёсткое выравнивание: RMSD: 4,81; процент совмещённых остатков: 83%

Рис. 1 Результат структурного выравнивания при гибком (справа) и жёстком (слева) выравнивании. Видно, что при использовании гибкого выравнивания структуры совмещаются значительно лучше.