Отчет по практикуму 8. Протеомы и EMBOSS.

На этой странице выложен отчет по практикуму 8

Встречаемость различных аминокислот в протеомах E. Coli K12 и Vibrio Cholerae 0395

1)Протеом E. Coli K12.
Идентификатор протеома UP000000625. Число последовательностей 4306. Число остатков 1356086.
2)Протеом Vibrio Cholerae 0395.
Идентификатор протеома UP000039514. Число последовательностей 3468. Число остатков 1187092.
3)Таблица1.

Буква	Сколько раз встречается у Vibrio Cholerae	Сколько раз встречается у E. Coli	Процент встреч у Vibrio Cholerae	Процент встреч у E. Coli	Разность процентов между E. Coli и Vibrio Cholerae
L	128342	144730	10,8	10,7	-0,1
A	109294	129037	9,2	9,5	0,3
V	83484	95922	7,0	7,1	0,04
G	79631	100006	6,7	7,4	0,7
S	74694	78684	6,3	5,8	-0,5
E	73987	78149	6,2	5,8	-0,46
I	71497	81505	6,0	6,0	-0,01
T	61925	73216	5,2	5,4	0,2
Q	61674	60212	5,2	4,4	-0,8
D	60046	69852	5,1	5,2	0,1
R	58457	74734	4,9	5,5	0,6
K	58415	59750	4,9	4,4	-0,5
F	47888	52758	4,0	3,9	-0,1
P	47845	60012	4,0	4,4	0,4
N	46302	53503	3,9	3,9	0,04
Y	35113	38585	3,0	2,8	-0,11
M	32220	38232	2,7	2,8	0,1
H	28245	30734	2,4	2,3	-0,1
W	15712	20764	1,3	1,5	0,2
C	12321	15698	1,0	1,2	0,1
U	0	3	0	0,0002	0,0002

4)Основные различия.
У Vibrio Cholerae 3 самых частых остатка-это L(лейцин), A(аланин), V(валин). У E. Coli-это L(лейцин), A(аланин), G(глицин). Первые 2 остатка совпадают, третий не совпадает. У обеих бактерий наиболее частые остатки имеют алифатические радикалы и относятся к наиболее распространенным остаткам. К числу самых редких относятся:у Vibrio Cholerae - H(гистидин), W(триптофан), C(цистеин);у E. Coli - W(триптофан), C(цистеин), U(селеноцистеин). Селеноцистеин относится к минорным аминокислотам и не встречается у Vibrio Cholerae. Из мажорных аминокислот наиболее редкие у обеих бактерий совпадают:H(гистидин), W(триптофан), C(цистеин).Наибольшая разность встречаемостей у глицина(G):у Vibrio Cholerae на 20375 остатков больше, чем у E. Coli.