Bedtools
| $ bedtools bamtobed -i sorted.bam > sorted.bed | Переводит файл с ридами из формата .bam в формат .bed. |
| $ bedtools coverage -counts -a gencode.genes.bed -b sorted.bed | grep -wv 0 > cov.bed | Определяет глубину покрытия генов ридами. Параметр -counts нужен для получения числа перекрываний без подсчета доли перекрытых нуклеотидов. |
| $ bedtools intersect -c -a gencode.genes.bed -b sorted.bed | grep -wv 0 > chr17_int.bed | Находит пересечения ридов с последовательностью генома. Параметр -с позволяет получить число пересечений. С помощью grep избавляемся от пересечений с покрытием 0. |
Больше всего ридов попало в ген KPNB1, ниже представлено его карткое описание.
Также ридами оказались покрыты два антисмысловых транскрипта - RP11-580I16.2 (33 вхождения) и RP11-138C9.1 (2718 вхождений)
| ген | KPNB1 | |
| Функция | Транспортный фактор, участвующий в переносе белков в ядро | |
| Размер, bp | 35,656 | |
| Координаты и цепь | chr17:47,649,838-47,685,493 | |
| Цепь | Сomplement | |
| Покрытие | 165074 | |
| Экзоны/интроны | 22/21 |
Дополнительные задачи
| $ bedtools bamtofastq -i sorted.bam -fq sorted.fastq | Переводит .bam файл с выравниваниями в формат .fastq. |
|
-i имя входного .bed файла -fq имя .fastq файла для записи |
|
|
$ grep -w "KPNB1" gencode.genes.bed > kpnb1.bed $ bedtools getfasta -fi chr17.fasta -bed kpnb1.bed -fo kpnb1.fasta |
Генерирует файл с нуклеотидной последовательностью для гена KPNB1 - одного из покрытых нашими выравниваниями. |
|
-fi название файла с нуклеотидной поседовательностью хромосомы -fo позволяет указать название .fasta файла для записи (без этого параметра результат выводится в stdout) |
|
|
$ infoseq -auto -nocolumns -delimiter '\t' -only -noheading -name -length chr17.fasta > chr17_len.txt $ bedtools makewindows -g len.bed -w 1000000 > chr17_windows.bed |
С помощью infoseq узнаем длину хромосомы - 81195210 bp, затем разбиваем нашу хроосому на фрагменты по 1 млн нуклеотидов. Всего было получено 82 таких интервала. |
|
-g файл с названием хромосомы и ее длиной в bp -w желаемая длина интервала |
|
Для определения генов и глубины их покрытия было использовано выравнивание ридов с референсной последовательностью из прошлого практикума. В таблице ниже приведены использованные команды и комментарии к ним.