Простейший профиль: частотная матрица.

1. Обработанное программой pfw выравнивание.
   Файл.msf.
   Веса строк перестали быть равными 1.
2. Создание профиля програмой pfmake (pfmake xxx.msf blosum62.cmp ).
   Файл.txt.
3. Поиск по профилю в файле, содержащем бактериальные последовательности. pfsearch -C3.0 -f patt_pfmake.txt bacteria.fasta > my.pfsearch
   
4. Анализ результатов Найдена последовательность
   Вес > 30 - 94
   Вес > 20 - 762
   Всего - 832
   Excel-файл с обработкой результатов.
   Число верных находок, TP=151
   Число ложных находок, FP=681
   Число ненайденных белков подсемейства, FN=0
   Чувствительность TP/(TP+FN)=1
   Селективность TP/(TP+FP)=0,18
   
   ROC-кривая:
   
   Первые 35 находок, обладающие наибольшим счетом, оказались ложными, из-за чего ROC-кривая имеет такой вид.
   По той же причине селективность сначала резко возрастает от 0 до 0,512(максимум), а затем постепенно падает.
   Однако даже при отбрасывании первых ложных находок результат работы программы выглядит явно хуже, чем поиски по паттерну или профилю, что показывает ROC-кривая (наличие ложных результатов с большим счетом искривляют ее).

   ---

   ©Турал Я.Я.