Домены. Pfam. HMM профиль.

Задание 1

В данном практикуме у выбрал
Pfam ID: PF01264
Taxon: Alphaproteobacteria.
Множество для поиска: database: (type:pfam id:PF01264) taxonomy:alphaproteobacteria AND reviewed:yes

Было полученно выравнивение в JalView.
Полученный HMM профиль тут.

Рисунок 1. Выравнивание
Гистограмма весов всех находок

Рисунок 2. Гистаграмма
ROC - кривая

Рисунок 3. Кривая
Выбранный порог - 670.
Именно на этом значении видно сильный скачок на гистограмме, и все находки, по которым строился профиль лежат выше этого порога. Specifity для этого порога - 0.45, Sensitivity - 1. Предсказание нельзя назвать идеальным и точным, так как правильные последовательности составляют только 36% от общего числа последовательностей.
Итоговая таблица тут.