Блок 4: Excel — интерактивная обработка массовых данных и представление результатов

Excel-1

  1. Задание 1 (упражнения)
  2. Задание 2 (плазмиды)

Что нового я узнала о плазмидах?

Плазмида – это внехромосомная часть генома. Представляют собой небольшие двухцепочечные молекулы ДНК. Плазмиды могут быть линейными или кольцевыми, но чаще встречаются кольцевые плазмиды. Длина разных плазмид варьирует от тысячи до миллиона пар оснований. Плазмиды характерны для бактерий и некоторых других организмов. Наиболее значимыми являются группы плазмид, отвечающие за половой процесс, устойчивость к антибитикам и синтез токсичных белков, использующихся в качестве защины. В генной инженерии плазмиды используются в качестве векторов.

Самая короткая плазмида имеет длину 537 пар оснований, самая длинная – 46873000 пар оснований. В среднем длина плазмид составляет 1456840 пар оснований. Медиана длин плазмид равна 36848 парам оснований.

В роде Synechococcus, к которому принадлежит моя бактерия, 15 плазмид. Вид Synechococcus elongats имеет 3 плазмиды.

Чтобы извлечь род и вид сначала я удалила слова "Candidatus" из ячеек, используя "ctrl+H", оставив таким образом только род и вид. Далее, используя функции Ecxel ЛЕВСИМВ и СОВПАД в алгоритме условия, искала совпадения первых символов ячеек столбца #Organism/Name с одинарной кавычкой, квадратной скобкой или строчной буквой и ставила прочерк в соответствующих ячейках таблицы. Чтобы извлечь названия вида использовала вышеупомянутые функции, а также функцию СЦЕПИТЬ (сцепляла содержимое ячеек #Organism/Name с пробелом), чтобы корректно выделить необходимое второе слово в ячейке. Для составления сводной таблицы по родам скопировала содержимое получившегося столбца Genus на новых лист (использовала специальную вставку, чтобы скопировать только значения, избавившись от формул) и удалила дубликаты при помощи одноименной функции Excel. Далее, используя функцию СЧЕТЕСЛИ, сосчитала количество плазмид в соответствующем роде.

Excel-2

  1. Мини-обзор протеома бактерии
  2. Сопроводительные матриалы