Белок ABC transporter periplasmic binding protein amino acid | Учебный сайт Масловой Валнетины

Информация о белке и его гене, полученная из записи NC_002946 базы данных RefSeq с полным геномом бактерии, приведена в таблице 1. На рис. 1 изображена окрестность в геноме гена описываемого белка.

Таблица 1. Информация об ABC-транспортерном периплазматическом связывающем аминокислотом белке из генома бактерии Neisseria gonorrhoeae штамм FA 1090 (идентификатор YP_209034.1 в базе RefSeq)

Вид информации	Квалификатор в записи генома	Значение
Локус гена в геноме	/locus_tag	NGO2014
Имя гена	/gene	отсутствует
Идентификатор гена в базе данных NCBI Gene	/db_xref=”GeneID:…”	3282698
Начало гена в геноме	—	1985170
Конец гена в геноме	—	1986024
На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная)	—	Прямая
Длина гена (в парах нуклеотидов)	—	855
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein	/protein_id	YP_209034.1
Длина белка (в аминокислотных остатках)	—	284

Рис.1. Геномная окрестность гена ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка из генома бактерии Neisseria gonorrhoeae штамм FA 1090. Ген отмечен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)

Из рисунка следует, что соседние гены сонаправлены с данным. Расстояния между геном и соседом с 5’-конца - 111 пар нуклеотидов, с 3’-конца – 378 пар нуклеотидов. Возможно, эти три гена могут находиться в одном опероне, поскольку они сонаправлены. Не исключено, что в оперон входят еще несколько генов с 5’ и 3’ концов, так как все они сонаправлены.

Во II семестре была продолжена работа с ABC-транспортерным периплазматическим связывающим аминокислоты белком.

ABC-транспортерный периплазматический связывающий аминокислоты белок

Описание ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка (ABC transporter periplasmic binding protein, amino acid) из генома бактерии Neisseria gonorrhoeae штамм FA 1090