На главную страницу сайта На главную страницу третьего семестра |
---|
Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности
Определение тРНК, использованной для присоединения 4-го аминокислотного остатка к BTUB_ECOLI
Четвертым аминокислотным остатком белка BTUB_ECOLI является лизин (K, Lys). Чтобы найти соответствующую ему тРНК в
геноме E.coli K-12, была использована программа grep:
В результате было получено 6 различных лизиновых тРНК (результат), и все они удовлетворяли
нашим запросам, поэтому для дальнейшей работы была выбрана первая из них без каких-либо предпочтений.
Мы видим, что количество тРНК в три раза превышает количество, которого было бы вполне достаточно. Возможно это некий элемент защиты от мутаций в геноме: если ген одной тРНК будет испорчен, и она не сможет корректно выполнять свою функцию — всегда будет несколько запасных копий. Поиск гомологичных тРНК в геноме Sulfolobus solfataricus
Последовательность лизиновой тРНК была получена программой seqret с параметром -sask.
Megablast обладает схожим с blastall синтаксисом, параметр -W (длина слова), равный по умолчанию 28, было рекомендовано не менять.
discontiguous MegaBLAST запускается при указании параметров -t, -W и -N.
Параметр -t (длина слов для сравнения) принимает значения 16, 18, 21; -W (количество совпавших букв в слове, взятом для сравнения) —
11, 12; -N указывает — кодирующая последовательность или нет, и в нашем случае не меняется и равен 1.
Помимо этих трех параметров discontiguous MegaBLAST имеет также полезный параметр -D, который
управляет выдаваемой информацией. По умолчанию его значение - 2, оно соответствует наиболее полной информации.
Такой результат можно было предсказать, поскольку Sulfolobus solfataricus достаточно далекий родственник Escherichia coli,
а Megablast служит для поиска близких гомологов.
fasta35 — использует совершенно другой алгоритм поиска гомологов, поэтому результаты её работы особенно интересны.
Время выполнения действительно немного дольше, но в итоге была выдана неплохая выборка гомологичных последовательностей.
Таким образом, лучше всех, как ни странно, справилась с задачей программа BLASTN, поскольку она нашла действительно тРНК, пусть и не лизиновую. Значит для поиска некодирующих нуклеотидных последовательностей BLASTN все таки пригодна. Но не стоит забывать, что её результаты должны быть проверены. На опыте поиска кодирующих последовательностей мы знаем, что на правильность найденных BLASTN результатов можно пологаться лишь изучив эти находки. Хотя в данном случае вероятность того, что BLASTN случайно нашла именно тРНК из всего генома, очень незначительна, в общем случае она не всегда так точна. |