Определение положения фрагмента в полной последовательности
Имеем 2 коротких фрагмента, первый из них – это фрагмент последовательности заданного белка. Создала с помощью FAR Manager текстовой файл fullANDpart.fasta, в нем сохранила в формате FASTA первый фрагмент, а также полную последовательность заданного мне белка.Запустила программу GeneDoc и импортировала полученный файл. Двигая фрагмент относительно полной последовательности, добилась полного совпадения букв. Определила номера позиций в полной последовательности, которым соответствуют первый: 69 - и последний а.о: 89 - заданного фрагмента. Т.о., заданный фрагмент соответствует позициям 69 - 89 в полной последовательности белка MENC_Ecoli.
Сохранила выравнивание под именем alignment1.msf в рабочей директории.
Получила картинку с этим выравниванием: aln1.gif в рабочей директории.
Построила "наилучшее" выравнивание вручную
Скопировала обе короткие последовательности в файл "shortseqs.fasta". Запустила программу GeneDoc и импортировала этот файл. Выровняла последовательности, стараясь, чтобы было сопоставлено максимальное число одинаковых букв при минимальном числе пропусков.Вес выравнивания: W = M – nG где M — число совпавших букв, G — штраф за пропуск, равен 2, n — общее число пропусков, где краевые пропуски не штрафуются, а длина пропуска не имеет значения.
Чем больше вес, тем лучше выравнивание.
При заданных параметрах можно ожидать, что вес должен быть порядка 5–10. Так и есть: вес равен 6.
Итак:
- исходные длины 2-х заданных фрагментов: seq1 21 а.о. & seq2 22 а.о.
- длина выравнивания: 23 колонки
- вес выравнивания: 6
- процент идентичности двух выровненных последовательностей (отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100): прибл. 43,48%.
Сохранила выравнивание под именем alignment2.msf в рабочей директории.
Получила картинку с этим выравниванием. Cохранила ее в файле aln2.gif в рабочей директории.
Найдём первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о.
Рассмотрим, как устроена наиболее популярная матрица весов замен а.о. BLOSUM62.Будем считать близкородственными заменами те, для которых значение элемента матрицы положительно (отмечены в моей таблице светлыми цветами и по диагонали - для большей наглядности).
Обратимся теперь к выравниванию. Итак:
- № первой позиции выравнивания, в которой мы наблюдаем близкородственную замену а.о: 7;
- полные названия и однобуквенные обозначения поменявшихся а.о.: аспарагиновая кислота D поменялась с глутаминовой кислотой E;
- вес такой замены в соответствии с использованной матрицей = 2;
- поменявшиеся аминокислотные остатки принадлежат к действительно очень сходным по природе аминокислотам. Они относятся к классу а.к. с отрицательно заряженными полярными группами. Остатки их рознятся лишь на группу CH2, на которую длиннее глутаминовая кислота. Соответственно, такая замена, скорее всего, не внесёт существенных изменений в свойства нашего белка, следовательно, является близкородственной.