8 (926) 907 94 08 Здесь должен быть мальчик с мензуркой!
Всё на свете является чудом!

Карта Рамачандрана

Определение торсионных углов φ, ψ и ω у десятого аминокислотного остатка  белка THIS_BACSU (PDB ID 1TYG)

1) Таблица. Измерение торсионных углов остатка TYG10 в белке

THIS_BACSU, цепь B


Название двугранного угла

Угол определяется по координатам атомов (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках – название атома)

Данный угол описывает поворот вокруг связи

Результат измерения с помощью RasMol

φ (phi)

LYS10:B.C 
(карбонильный углерод 10-го остатка цепи
B)
LYS10:B.CA 
(альфа-углерод 10-го остатка цепи
B)
LYS10:B.
(азот 10-го остатка цепи
B)
VAL9:B.
(карбонильный углерод 9-го остатка цепи
B)

Calphai-Ni

-71.92

ψ (psi)

LYS10:B.N

(азот 10-го остатка цепи B)

LYS10:B.CA

(альфа-углерод 10-го остатка цепи B)

LYS10:B.C

(карбонильный углерод 10-го остатка цепи B)

VAL11:B.N

(азот 11-го остатка цепи B)

Calphai-C'i

119.62

ω (omega)

LYS10:B.O

(кислород 10-го остатка цепи B)

LIS10:B.C

(карбонильный углерод 10-го остатка цепи B)

LYS11:B.N

(азот 11-го остатка цепи B)

VAL11:B.CA

(альфа-углерод 11-го остатка цепи B)

C'i-Ni+1

1.01


2) Изображение, иллюстрирующее определение угла φ 
угол фи
Получить изображение можно при помощи скрипта.

3) Построение карты Рамачандрана для следующих множеств аминокислотных остатков

карта 1


карта 2

Карты построены в Exele (carta.xls).




Главная
Об авторе
Учебные семестры
Проекты автора
Друзья
Ссылки партнеров
Extra
Контакты


Главная Об авторе Учебные семестры Проекты автора Друзья Ссылки партнеров Extra Контакты

Mneff © 2011-2012