Необходимо построить филогенетическое дерево ранее отобранных бактерий, но на этот раз используя последовательности РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA).

Для этого разделяем работу на несколько последовательных этапов:

I. Найти последовательности 16S рибосомальной РНК каждой из бактерий.

1 - поиск записи EMBL для каждой бактерии

Для того чтобы найти запись EMBL, нам потребуется AC (Accession code) каждой бактерии.
Это очень просто сделать при помощи сервиса на биоинформатическом портале ExPASy.
Вводя в окошко поиска мнемоники каждой бактерии получаем страницу с информацией (запись EMBL).

2.1 - поиск в соответствующей записи особенности "16S rRNA"

Теперь банальным поиском по странице (Ctrl+F) находим особенность rRNA в поле FT и выбираем ту особенность, где также есть указание на "16S ribosomal RNA".
Для удобства скопировали необходимую информацию о каждой бактерии в отдельный файл.

Увы, в записи EBML, описывающей полный геном бактерии STRPN, рРНК не аннотированы.
Для того, чтобы всё же найти 16S рРНК в геноме этой бактерии, воспользуемся программой blastn на сервере NCBI, которая, в частности, умеет быстро выравнивать две последовательности (в данном случае полный геном бактерии STRPN и 16S РНК близкородственной бактерии - STRP1).

Полный геном STRPN скачали из Европейского Нуклеотидного Архива (ENA).
В результате, программа blastn выдала выравнивание, которое дало нам возможность определить координаты участка 16S rRNA для бактерии STRPN. Полученные координаты тоже внесли в файл с информацией о каждой бактерии.

2.2 - получение координат начала и конца участка с этой особенностью

Из имеющего файла с информацией нам нужны только координаты участка.
Они записаны в ранее сделанном файле просто через две точки (пример: 741565..743071)

3 - вырезание нужного участка из записи EMBL

Вырезать участок мы можем с помощью команды seqret:

seqret embl:"Accession code" -sask

Получили 8 файлов (так как всего 8 бактерий) вида bacsu_16S.fasta

II. Заполнить таблицу с информацией о бактериях.

Используя сделанный в пункте 2.1 файл, заполняем таблицу:

III. Поместить все последовательности в один файл, отредактировать их и выровнять.

Далее поместили все последовательности в один файл, при помощи команды cat:

cat bacsu_16S.fasta bacan_16S.fasta clote_16S.fasta clob1_16S.fasta staa1_16S.fasta staes_16S.fasta strp1_16S.fasta strpn_16S.fasta > all_bacteria_16S.fasta

Затем отредактировали последовательности, оставив только мнемонику (BACSU, BACAN и т.д.).

После чего получили выравнивание последовательностей, используя программу muscle:

muscle -in all_bacteria_16S.fasta -out alignment_all_bacteria_16S.fasta

IV. Реконструировать дерево, используя программу MEGA.

Полученное выравнивание открыли в программе MEGA и реконструировали дерево методом "Maximum Likelihood" (Phylogeny > Construct/Test Maximum Likelihood Tree...):

→ реконструированное дерево

V. Анализ дерева в соответствии с правильным.

Ниже приведены для анализа реконструированное и правильное деревья:

    → реконструированное дерево

→ правильное дерево

Полученное дерево полностью совпадает с правильным, поэтому, если всё сделать аккуратно, то "реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям" - это вполне рабочий и неплохой метод, хотя немного муторный конечно в сравнении с методом "реконструкции дерева по белковым последовательностям".

Но всё же, ошибок в дереве нет, поэтому, как говорится, победителей не судят.