Формы ДНК, Структура РНК
A-, B- и Z-формы ДНК
С помощью команды fiber пакета 3DNA были получены A-, B- и Z-формы ДНК.
Ссылки на файлы:
A-форма ДНК
B-форма ДНК
Z-форма ДНК
С помощью программы Jmol была визуализирована эксперементальная структура B-формы ДНК (PDB ID: 1bna). На ней рассматривался цитозин 23. С помощью программы MarvinSketch цитозин был визуализирован в плоской форме, и покрашен в соответсвии с направленностью атомов.
| Рис. 1: Цитозин 23 |
 |
Красным покрашены атомы, обращённые а стророну большой бороздки: N4, C5, C4, C6 |
| Синим покрашены атомы, обращённые а стророну малой бороздки: O2, C2 |
Построенные ранее A-, B- и Z-формы ДНК были открыты в JMOL с целью изучения их оссобенностей. Результаты преведены в таблице 1.
| Таблица 1: Различие A-, B- и Z-форм ДНК |
|
A-форма |
B-форма |
Z-форма |
| Тип спирали |
правозакрученная |
правозакрученная |
левозакрученная |
| Шаг спирали (A) |
28.03 |
33.75 |
36.35 |
| Число оснований на виток |
11 |
10 |
10 |
| Ширина большой бороздки |
7.98 (G33:B.P #657 - A2:A.P #23) |
17.21 (T7:A.P #126 - T31:B.P #618) |
18.3 (C6:A.P #105 - C12:B.P #228) |
| Ширина малой бороздки |
16.81 (A30:B.P - C12:A.P #228) |
11.69 (T35:B.P #700 - A10:A.P #187) |
7.2 (G9:A.P #165 - G15:B.P #288) |
Торсионные углы , водородные связи, неканонические пары
Ниже приведены данные для заданной тРНК: Мутант D235G глутамил-тРНК синтетазы в комплексе тРНК глутамина
Программы analyze были измерены торсионные углы между нуклеотидами в молекуле тРНК. Результат.
Информацию о водородных связях между основаниями можно найти здесь. Там же показаны неканонические пары в тРНК. Несколько подряд идущих пар с водородными связями образуют стебель (stem). В данной структуре стебель образуют следующие нуклеотиды: (2-7)----(66-71), (49-53)----(61-65),(37-44)----(26-33), (10-12)----(23-25). Дополнительные водородные связи : 54U-58A, 55U-18G (изолированная), 13A-45A(изолированная), 14A-21A,15G-48C(изолированная), 19G-56C, 46U-47U(изолированная).
Стэкинг взаимодействия
По результатам работы той же программы получены данные о площади перекрывания. Наибольшее значение имеет следующая пара: (структура #20) GC/AC - 12.26; наименьшие - (структура #13) UA/UG (0), (структура #27) GG/CC (0), (структура #28) GU/UC (0).
Рассмотрим двадцатую структуру, в которую входят следующие молекулы:44C-26A, 43G-27C. Её вырезали, использовав команду ex_str (файл), получили изображение (команда stack2img). Оно представлено ниже.
|
