Entrez Direct, BLAST+, EMBOSS

Поиск гомологов белков в неаннотированном геноме

Так как Amoeboaphelidium protococcarum евляется родсвенником грибов поиск потенциально гомологичных белков производился среди белков Saccharomyces cerevisiae (модельный организм). Запрос в UniProtKB:taxonomy:saccharomyces cerevisiae AND reviewed:yes

Были выбраны следующие белки: фактор элонгации 1-альфа (EF1A_YEAST), АТФ-зависимая РНК хеликаза eIF4A (IF4A_YEAST), гистон H3 (H3_YEAST).

Белок	Последовательность	Команда для получения последовательности	Выдача
Фактор элонгации 1-альфа	EF1A_YEAST	seqret sw:ef1a_yeast ef1a.fasta	Выдача
АТФ-зависимая РНК хеликаза eIF4A	IF4A_YEAST	seqret sw:if4a_yeast if4a.fasta	Выдача
Гистон H3	H3_YEAST	seqret sw:h3_yeast h3.fasta	Выдача

Для фактора элонгации 1-альфа было найдено несколько скэффолдов у двух из них E-value 0.0, процент идентичности при этом 87, выравнялась почти вся последовательность (443/458), так же совпадают участки по всей длине выравнивания. Наиболее вероятно что белок гомологичен

Для АТФ-зависимой РНК хеликазы eIF4A среди нескольких скэффолдов небыло ни одного с E-value 0.0, однако есть три с очень низким E-value (1e-130, 2e-127, 4e-123). И всё же у них не очень высокие проценты идентичности (67, 66, 58), однако покрытие весьма большое (353/395), плюс совпадают участки по всей длине выравнивания. Этот белок тоже скорее всего гомолог.

Для гистона H3 среди 6 скэффолдов есть два с относительно низким E-value (9e-72), у которых высокий процент идентичности (88), идеальное покрытие (136/136) и совпадают участки по всей длине выравнивания. Соответсвенно, наиболее вероятно что белок гомологичен.