Филогенетическое дерево
Отобранные бактерии
Из списка родственных бактерий из задания практикума были выбраны случайным образом семь с целью построить их филогенетическое дерево. Названия бактерий и их мнемоники представленны ниже.
| Мнемоника |
Название |
| ACIC1 |
Acidothermus cellulolyticus |
| BIFLO |
Bifidobacterium longum |
| CORDI |
Corynebacterium diphtheriae |
| COREF |
Corynebacterium efficiens |
| MYCTU |
Mycolicibacterium vanbaalenii |
| NOCSJ |
Nocardioides sp. |
| THEFY |
Thermobifida fusca |
Скобочная формула дерева
С помощью анализа дерева, выданного в задании практикума была получена скобочная формула дерева:
| ((((THEFY, ACIC1), NOCSJ), BIFLO), (MYCTU, (CORDI, COREF))); |
Изображение дерева
Скобочная формула выше была использована в качестве данных для онлайн сервиса iTOL, в результате чего было построено филогенетическое дерево:
 |
| Рис 1.: Филогенетическое дерево выбранных бактерий |
Ветви дерева
Дерево содержит четыре нетривиальные вертви:
{COREF, CORDI} против {MYCTU, BIFLO, NOCSJ, ACIC1, THEFY}
{COREF, CORDI, MYCTU} против {BIFLO, NOCSJ, ACIC1, THEFY}
{COREF, CORDI, MYCTU, BIFLO} против {NOCSJ, ACIC1, THEFY}
{COREF, CORDI, MYCTU, BIFLO, NOCSJ} против {ACIC1, THEFY}
Таксономия и ветви дерева
У всех видов есть таксоны cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes. Далее идут различия:
| Acidothermus cellulolyticus |
| Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermustd |
| Bifidobacterium longum |
| Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium |
|
| Corynebacterium diphtheriae |
| Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium |
|
| Corynebacterium efficiens |
| Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium |
|
| Mycolicibacterium vanbaalenii |
| Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycolicibacterium |
|
| Nocardioides sp. |
| Propionibacteriales; Nocardioidaceae; Nocardioides |
|
| Thermobifida fusca |
| Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida |
|
Исходя из таксономии можно сказать что ветвь {COREF, CORDI, MYCTU} отделяет таксон Mycobacteriales, а ветвь {COREF, CORDI} отделяет таксоны Corynebacteriaceae и Corynebacterium
|
