Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2021

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. Позже вы будете сравнивать это дерево с реконструкциями филогении тех же бактерий по последовательностям их белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия, со ссылкой со страницы семестра.

Из нижеследующего списка актинобактерий выберите 7–8 названий.

Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов (для наглядности будем везде использовать мнемоники организмов вместо их полных видовых названий):

Приведите в отчёте: а) скобочную формулу дерева; б) изображение дерева; в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев. Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA или же загрузите в сервис iTOL.

Образец оформления отчёта

(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).