Получение информации о COGe

Идентификатор белка: KST73321.1 hydroperoxidase [Burkholderia humptydooensis]
COG: COG0376 Catalase (peroxidase I) (Каталаза/пероксидаза I)
Функциональная категория: P Inorganic ion transport and metabolism / неорганический ионный транспорт и метаболизм
E-value: 0e+00
АК: 1-728 (729 аа)
               

Визуализация геномного окружения

Геномное окружение COG0021 было получено с помощью сервиса COGNAT со следующими параметрами: Pfam Identifier: COG0376 Neighborhood Size: 9
Occurrence Threshold (%): 5 (значение было снижено т.к. изначально было слишком мало генов из окружения. т.е. мы отображаем гены окружения, с частотой встречаемости более 5%)
Taxonomy: Да

Окружение можно скачать здесь. Соответствие цветов стрелочек COG-ам - в нижней части файла

Нельзя сказать, что наблюдается какое-то консервативное окружение, однако интересно, что для Actinobacteria и Euryarchaeota характерно наличие Fur family ferric uptake regulator (COG0735) перед нашим геном. Интересно, что у Kitasatospora setae у единственной из первого отряда этот ген изменил свое направление.

Отнесение белка Гидропероксидазы из Burkholderia humptydooensis к терминам GO

Для отнесения исследуемого нами белка к терминам GO был использован сервис AMIGO. С помощью BLAST был произведен поиск гомологов; E-value = 0.01
Лучшая находка: P-value = E-value = 2.0e-308. Организм: Geobacter sulfurreducens PCA. Каталаза/пероксидаза? тот же белок.

ISS - Inferred from Sequence or structural Similarity. Как я поняла, функция была проверена экспериментально, и последовательность рассматривалась вречную.