Cравнение аминокислотных
последовательностей белков
и нуклеотидных последовательностей
соответствующих генов

Выравнивания белка PDXH_ECOLI и его ближайшего гомолога
получены программой needle и обработаны в Genedoc .

В итоге можно сделать вывод, что:

• Из восьми нуклеотидных замен к аминокислотной мутации привела только одна;
• при этом семь оставшихся (синонимичных) — в третьих позициях;
• несинонимичная замена произошла во второй позиции;
• соотношение синонимичных и несинонимичных замен 7 к 1.

Матрица замен нуклеотидов:

	A	T	G	C
A	?	0	3	0
T		?	1	3
G			?	1
C				?

Из таблицы видно, что пуриновые основания чаще заменяются
на пуриновые, а пиримидиновые — на пиримидиновые.

Выравнивание белковой последовательности:

*

2

0

*

4

0

*

6

0

P

D

X

H

_

E

C

O

L

I

:

~

S

D

N

D

E

L

Q

Q

I

A

H

L

R

R

E

Y

T

K

G

G

L

R

R

R

D

L

P

A

D

P

L

T

L

F

E

R

W

L

S

Q

A

C

E

A

K

L

A

D

P

T

A

M

V

V

A

T

V

D

E

:

5

9

Q

3

Z

1

Z

4

_

S

H

I

:

M

S

D

N

D

E

L

Q

Q

I

A

H

L

R

R

E

Y

T

K

G

G

L

R

R

R

D

L

P

A

D

P

L

T

L

F

E

R

W

L

S

Q

A

C

E

A

K

L

A

D

P

T

A

M

V

V

A

T

V

D

E

:

6

0

S

D

N

D

E

L

Q

Q

I

A

H

L

R

R

E

Y

T

K

G

G

L

R

R

R

D

L

P

A

D

P

L

T

L

F

E

R

W

L

S

Q

A

C

E

A

K

L

A

D

P

T

A

M

V

V

A

T

V

D

E

*

8

0

*

1

0

0

*

1

2

0

P

D

X

H

_

E

C

O

L

I

:

H

G

Q

P

Y

Q

R

I

V

L

L

K

H

Y

D

E

K

G

M

V

F

Y

T

N

L

G

S

R

K

A

H

Q

I

E

N

N

P

R

V

S

L

L

F

P

W

H

T

L

E

R

Q

V

M

V

I

G

K

A

E

R

:

1

1

9

Q

3

Z

1

Z

4

_

S

H

I

:

H

A

Q

P

Y

Q

R

I

V

L

L

K

H

Y

D

E

K

G

M

V

F

Y

T

N

L

G

S

R

K

A

H

Q

I

E

N

N

P

R

V

S

L

L

F

P

W

H

T

L

E

R

Q

V

M

V

I

G

K

A

E

R

:

1

2

0

H

Q

P

Y

Q

R

I

V

L

L

K

H

Y

D

E

K

G

M

V

F

Y

T

N

L

G

S

R

K

A

H

Q

I

E

N

N

P

R

V

S

L

L

F

P

W

H

T

L

E

R

Q

V

M

V

I

G

K

A

E

R

*

1

4

0

*

1

6

0

*

1

8

0

P

D

X

H

_

E

C

O

L

I

:

L

S

T

L

E

V

M

K

Y

F

H

S

R

P

R

D

S

Q

I

G

A

W

V

S

K

Q

S

S

R

I

S

A

R

G

I

L

E

S

K

F

L

E

L

K

Q

K

F

Q

Q

G

E

V

P

L

P

S

F

W

G

G

:

1

7

9

Q

3

Z

1

Z

4

_

S

H

I

:

L

S

T

L

E

V

M

K

Y

F

H

S

R

P

R

D

S

Q

I

G

A

W

V

S

K

Q

S

S

R

I

S

A

R

G

I

L

E

S

K

F

L

E

L

K

Q

K

F

Q

Q

G

E

V

P

L

P

S

F

W

G

G

:

1

8

0

L

S

T

L

E

V

M

K

Y

F

H

S

R

P

R

D

S

Q

I

G

A

W

V

S

K

Q

S

S

R

I

S

A

R

G

I

L

E

S

K

F

L

E

L

K

Q

K

F

Q

Q

G

E

V

P

L

P

S

F

W

G

G

*

2

0

0

*

P

D

X

H

_

E

C

O

L

I

:

F

R

V

S

L

E

Q

I

E

F

W

Q

G

G

E

H

R

L

H

D

R

F

L

Y

Q

R

E

N

D

A

W

K

I

D

R

L

A

P

:

2

1

7

Q

3

Z

1

Z

4

_

S

H

I

:

F

R

V

S

L

E

Q

I

E

F

W

Q

G

G

E

H

R

L

H

D

R

F

L

Y

Q

R

E

N

D

A

W

K

I

D

R

L

A

P

:

2

1

8

F

R

V

S

L

E

Q

I

E

F

W

Q

G

G

E

H

R

L

H

D

R

F

L

Y

Q

R

E

N

D

A

W

K

I

D

R

L

A

P

Выравнивание нуклеотидной последовательности
(кодоны, в которых произошли замены, отмечены крестиками):

*

2

0

*

4

0

*

6

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

~

~

~

t

c

t

g

a

t

a

a

c

g

a

c

g

a

a

t

t

g

c

a

g

c

a

a

a

t

c

g

c

g

c

a

t

c

t

g

c

g

c

c

g

t

g

a

a

t

a

c

a

c

c

a

a

a

g

g

c

:

5

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

a

t

g

t

c

t

g

a

t

a

a

c

g

a

c

g

a

a

t

t

g

c

a

g

c

a

a

a

t

c

g

c

g

c

a

t

c

t

g

c

g

c

c

g

t

g

a

a

t

a

c

a

c

c

a

a

a

g

g

c

:

6

0

T

C

T

G

A

T

A

A

C

G

A

C

G

A

A

T

T

G

C

A

G

C

A

A

A

T

C

G

C

G

C

A

T

C

T

G

C

G

C

C

G

T

G

A

A

T

A

C

A

C

C

A

A

A

G

G

C

+

+

+

8

0

*

1

0

0

*

1

2

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

g

g

g

t

t

a

c

g

c

c

g

c

c

g

c

g

a

t

c

t

t

c

c

c

g

c

c

g

a

t

c

c

a

t

t

a

a

c

c

c

t

t

t

t

t

g

a

a

c

g

t

t

g

g

c

t

c

t

c

t

:

1

1

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

g

g

g

t

t

a

c

g

c

c

g

t

c

g

c

g

a

t

c

t

t

c

c

c

g

c

c

g

a

t

c

c

a

t

t

a

a

c

c

c

t

t

t

t

t

g

a

a

c

g

t

t

g

g

c

t

c

t

c

t

:

1

2

0

G

G

G

T

T

A

C

G

C

C

G

C

G

C

G

A

T

C

T

T

C

C

C

G

C

C

G

A

T

C

C

A

T

T

A

A

C

C

C

T

T

T

T

T

G

A

A

C

G

T

T

G

G

C

T

C

T

C

T

+

+

+

*

1

4

0

+

+

+

*

1

6

0

*

1

8

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

c

a

g

g

c

t

t

g

t

g

a

a

g

c

c

a

a

a

c

t

g

g

c

g

g

a

c

c

c

t

a

c

c

g

c

g

a

t

g

g

t

g

g

t

c

g

c

t

a

c

c

g

t

g

g

a

t

g

a

a

:

1

7

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

c

a

g

g

c

g

t

g

t

g

a

a

g

c

c

a

a

a

c

t

g

g

c

a

g

a

c

c

c

t

a

c

c

g

c

g

a

t

g

g

t

g

g

t

c

g

c

t

a

c

c

g

t

g

g

a

t

g

a

a

:

1

8

0

C

A

G

G

C

T

G

T

G

A

A

G

C

C

A

A

A

C

T

G

G

C

G

A

C

C

C

T

A

C

C

G

C

G

A

T

G

G

T

G

G

T

C

G

C

T

A

C

C

G

T

G

G

A

T

G

A

A

+

+

+

*

+

+

+

*

2

2

0

*

2

4

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

c

a

t

g

g

t

c

a

g

c

c

t

t

a

t

c

a

g

c

g

c

a

t

c

g

t

t

t

t

a

c

t

c

a

a

a

c

a

t

t

a

c

g

a

c

g

a

a

a

a

a

g

g

c

a

t

g

g

t

g

:

2

3

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

c

a

t

g

c

t

c

a

g

c

c

t

t

a

t

c

a

a

c

g

c

a

t

c

g

t

t

t

t

a

c

t

c

a

a

a

c

a

t

t

a

c

g

a

c

g

a

a

a

a

a

g

g

c

a

t

g

g

t

g

:

2

4

0

C

A

T

G

T

C

A

G

C

C

T

T

A

T

C

A

C

G

C

A

T

C

G

T

T

T

T

A

C

T

C

A

A

A

C

A

T

T

A

C

G

A

C

G

A

A

A

A

A

G

G

C

A

T

G

G

T

G

*

2

6

0

*

+

+

+

*

3

0

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

t

t

t

t

a

c

a

c

c

a

a

c

c

t

c

g

g

c

a

g

c

c

g

t

a

a

a

g

c

a

c

a

t

c

a

a

a

t

c

g

a

a

a

a

t

a

a

t

c

c

g

c

g

c

g

t

t

a

g

c

:

2

9

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

t

t

t

t

a

c

a

c

c

a

a

c

c

t

c

g

g

c

a

g

c

c

g

t

a

a

a

g

c

a

c

a

t

c

a

a

a

t

t

g

a

a

a

a

t

a

a

t

c

c

g

c

g

c

g

t

t

a

g

c

:

3

0

0

T

T

T

T

A

C

A

C

C

A

A

C

C

T

C

G

G

C

A

G

C

C

G

T

A

A

A

G

C

A

C

A

T

C

A

A

A

T

G

A

A

A

A

T

A

A

T

C

C

G

C

G

C

G

T

T

A

G

C

*

3

2

0

*

3

4

0

*

+

+

+

3

6

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

c

t

g

c

t

g

t

t

c

c

c

g

t

g

g

c

a

t

a

c

c

c

t

t

g

a

g

c

g

c

c

a

g

g

t

g

a

t

g

g

t

g

a

t

c

g

g

t

a

a

a

g

c

a

g

a

a

c

g

a

:

3

5

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

c

t

g

c

t

g

t

t

c

c

c

g

t

g

g

c

a

t

a

c

c

c

t

t

g

a

g

c

g

c

c

a

g

g

t

g

a

t

g

g

t

g

a

t

c

g

g

t

a

a

a

g

c

g

g

a

a

c

g

a

:

3

6

0

C

T

G

C

T

G

T

T

C

C

C

G

T

G

G

C

A

T

A

C

C

C

T

T

G

A

G

C

G

C

C

A

G

G

T

G

A

T

G

G

T

G

A

T

C

G

G

T

A

A

A

G

C

G

A

A

C

G

A

*

3

8

0

*

4

0

0

*

4

2

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

c

t

t

t

c

g

a

c

t

c

t

c

g

a

a

g

t

g

a

t

g

a

a

a

t

a

t

t

t

t

c

a

t

a

g

c

c

g

c

c

c

g

c

g

t

g

a

t

a

g

c

c

a

g

a

t

t

g

g

t

:

4

1

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

c

t

t

t

c

g

a

c

t

c

t

c

g

a

a

g

t

g

a

t

g

a

a

a

t

a

t

t

t

t

c

a

t

a

g

c

c

g

c

c

c

g

c

g

t

g

a

t

a

g

c

c

a

g

a

t

t

g

g

t

:

4

2

0

C

T

T

T

C

G

A

C

T

C

T

C

G

A

A

G

T

G

A

T

G

A

A

A

T

A

T

T

T

T

C

A

T

A

G

C

C

G

C

C

C

G

C

G

T

G

A

T

A

G

C

C

A

G

A

T

T

G

G

T

*

4

4

0

*

4

6

0

*

4

8

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

g

c

a

t

g

g

g

t

t

t

c

g

a

a

g

c

a

g

t

c

c

a

g

t

c

g

c

a

t

t

t

c

t

g

c

c

c

g

c

g

g

t

a

t

c

c

t

t

g

a

a

a

g

t

a

a

a

t

t

c

:

4

7

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

g

c

a

t

g

g

g

t

t

t

c

g

a

a

g

c

a

g

t

c

c

a

g

t

c

g

c

a

t

t

t

c

t

g

c

c

c

g

c

g

g

t

a

t

c

c

t

t

g

a

a

a

g

t

a

a

a

t

t

c

:

4

8

0

G

C

A

T

G

G

G

T

T

T

C

G

A

A

G

C

A

G

T

C

C

A

G

T

C

G

C

A

T

T

T

C

T

G

C

C

C

G

C

G

G

T

A

T

C

C

T

T

G

A

A

A

G

T

A

A

A

T

T

C

*

5

0

0

*

5

2

0

*

5

4

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

c

t

g

g

a

g

c

t

g

a

a

g

c

a

g

a

a

g

t

t

t

c

a

a

c

a

g

g

g

c

g

a

a

g

t

g

c

c

a

t

t

g

c

c

g

a

g

c

t

t

t

t

g

g

g

g

c

g

g

t

:

5

3

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

c

t

g

g

a

g

c

t

g

a

a

g

c

a

g

a

a

g

t

t

t

c

a

a

c

a

g

g

g

c

g

a

a

g

t

g

c

c

a

t

t

g

c

c

g

a

g

c

t

t

t

t

g

g

g

g

c

g

g

t

:

5

4

0

C

T

G

G

A

G

C

T

G

A

A

G

C

A

G

A

A

G

T

T

T

C

A

A

C

A

G

G

G

C

G

A

A

G

T

G

C

C

A

T

T

G

C

C

G

A

G

C

T

T

T

T

G

G

G

G

C

G

G

T

*

5

6

0

*

+

+

+

*

6

0

0

B

A

A

1

5

3

9

9

:

t

t

t

c

g

c

g

t

c

a

g

c

c

t

t

g

a

a

c

a

g

a

t

t

g

a

g

t

t

c

t

g

g

c

a

g

g

g

t

g

g

t

g

a

g

c

a

t

c

g

c

c

t

g

c

a

t

g

a

c

:

5

9

7

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

t

t

t

c

g

c

g

t

c

a

g

c

c

t

t

g

a

a

c

a

g

a

t

t

g

a

g

t

t

c

t

g

g

c

a

g

g

g

c

g

g

t

g

a

g

c

a

t

c

g

c

c

t

g

c

a

t

g

a

c

:

6

0

0

T

T

T

C

G

C

G

T

C

A

G

C

C

T

T

G

A

A

C

A

G

A

T

T

G

A

G

T

T

C

T

G

G

C

A

G

G

G

G

G

T

G

A

G

C

A

T

C

G

C

C

T

G

C

A

T

G

A

C

*

6

2

0

*

6

4

0

*

B

A

A

1

5

3

9

9

:

c

g

c

t

t

t

t

t

g

t

a

c

c

a

g

c

g

t

g

a

a

a

a

t

g

a

t

g

c

g

t

g

g

a

a

g

a

t

t

g

a

t

c

g

t

c

t

t

g

c

a

c

c

c

t

g

a

:

6

5

4

A

A

Z

8

8

2

1

8

:

c

g

c

t

t

t

t

t

g

t

a

c

c

a

g

c

g

t

g

a

a

a

a

t

g

a

t

g

c

g

t

g

g

a

a

g

a

t

t

g

a

t

c

g

t

c

t

t

g

c

a

c

c

c

t

g

a

:

6

5

7

C

G

C

T

T

T

T

T

G

T

A

C

C

A

G

C

G

T

G

A

A

A

A

T

G

A

T

G

C

G

T

G

G

A

A

G

A

T

T

G

A

T

C

G

T

C

T

T

G

C

A

C

C

C

T

G

A