Программа BLAST
Поиск гомологов RBL1_HALNC в Swissprot
Таблица 1. Используемые параметры программы BLAST
| Database | UniprotKB/Swiss-Prot |
| Algorithm | blastp |
| Max target sequences | 100 |
| Expect threshold | 0.1 |
| Word size | 3 |
| Matrix | BLOSUM62 |
| Gap Costs | Existance:11, Extension:1 |
| Compositional adjustments | Conditional compositional score matrix adjustment |
| Low comlexity regions | off |
Выдача программы BLAST в случае поиска гомологичных RBL1_HALNC белков: посмотреть
Результаты множественного выравнивания некоторых белков из выдачи программы BLAST: посмотреть
В данном случае все белки гомологичны, так как в выравнивании встречается большое множество протяженных консервативных во всех белках, также на это может указывать тот фак, что приведённые последовательности имеют относительно высокий процент идентичности (75%-90%) и близкий к нулю E-value.
Рис. 1. Множественное выравнивание гомологов большой субъединицы Рубиско.
Поиск в Swissprot гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина
Таблица 2. Параметры белка из полипротеина
| ID | AC | Virus | Chain name | Chain coordinates |
| R1AB_CVHN2 | P0C6X3 | Human coronavirus HKU1 (isolate N2) (HCoV-HKU1) | RNA-directed RNA polymerase | 4428-5355 |
Последовательность белка из полипротеина: посмотреть
Выдача программы BLAST: посмотреть
Результаты множественного выравнивания некоторых белков из выдачи программы BLAST: посмотреть
Рис. 1. Множественное выравнивание гомологов большой субъединицы Рубиско.
Исследование зависимости E-value от объёма банка
Таблица 3.Параметры выбранного для сравнения резульата
| ID | AC | Virus | E-value (all DB) | E-value (searched within viruses) |
| POLG_ZYMVR | Q89330.1 | Zucchini yellow mosaic virus (strain Reunion Island) | 0.076 | 0.003 |
Согласно тому, как считают E-value, отношение двух E-value для одного белка равно отношению размеров соответствующих баз данных. Таким образом, 0,39% (0,003/0,076=0,039) базы данных Swiss-Prot содержит записи о белках вирусов.
Поиск "гомологов" бессмысленной последовательности
Последовательность: TGLFCRHRVWAPLNRSYIWGVTWWGPVNLRSIKADKFRIYRTLCINDVDWCMDAG (55 a.o.)
Количество найденных белков: 2
Выдача программы BLAST: посмотреть
В данном запросе у всех найденных белков E-value больше 1, что не удивительно, так как наша последовательность случайна.
Последовательность: NMIWLPAVYDWSTCFARTWIDVDPILLCDYQFWCQIFLTN (40 a.o.)
Количество найденных белков: 1
Выдача программы BLAST: посмотреть
E-value: 7.3
Аналогичная предыдущей ситуация.
Таким образом, при работе BLAST со случайными последовательностями получаются результаты с высоким E-value, что ожидаемо.