pr2

Задание 2¶

В данном упражнении анализировалась B-форма ДНК и тимин. Изображение в MarvinSketch можно по получить по по ссылке.

В сторону большой бороздки обращены атомы (для тимин): c6,c5,c4,o4,c5,c7

В сторону малой бороздки обращены атомы: o2, c2,n1

На изображении слева красным отмечены атомы большой бороздки, синим - малой.

Характеристика	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (?)	28	33.7	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	9.6(T11(A)-T23(B))	20.6(G9(A)-T27(B))	23.5(C8(A)-C28(B))
Ширина малой бороздки	18.5(A10(A)-T35(B))	13.2(T11(A)-T35(B))	14.4(С10(A)-G37(B))

Задание 3¶

Далее работа производится со структурой 1O0B из базы данных PDB, которая представляет из себя глутамил-тРНК в комплексе с белком.

Упражнение 1¶

С помощью программы analyze были получены значения торсионных углов для данной РНК, доступные по этой ссылке. По значениям торсилнных углов нельзя однозначно утверждать, на какую структуру ДНК будет похожа молекула.

Упражнение 2¶

Информация о представленных в молекуле водородных связях была получена с помощью программы analyze, с результатом работы которой можно ознакомиться по этой ссылке. Далее нумерация нуклеотидов соответствует номерам в PDB файле.

Стебли: [902-907,966-971], [926-933,937-944], [910-912,923-925], [949-953,961-965]

Неканонические пары оснований: U954-A958, U955-G918, A937-U933, U938-U932, C940-G930, C944-A926, A913-A945, A914-U908, G915-C948

Дополнительные водородные связи: A913-A945, A914-U908, G915-C948, G919-C956, U954-A958, U955-G918

Упражнение 3¶

Данные о величине перекрывания двух пар оснований можно посмотреть по ссылке.
Максимальное значение перекрывание соответствует паре G943-C927|С944-A926, а минимальное - паре A913-A945|A914-U908. Cоответсвующие изображения, иллюстрирующие это, представлены ниже, откуда можно видеть, что нуклеотиды с меньшим перекрыванием встречаются в менее регулярных структурах, а в таких упорядоченных структурах, как стебель, перекрывание будет больше.