(A:90,(((B:25,C:25):10,D:35):5,(E:30,F:30):10):50)
Схема 1. Cтруктура дерева гена
btuD. |
По известной правильной
скобочной структуре (Сх. 1),
было построено филогенетическое дерево (Рис.
1).
Корнем
дерева является ген btuD
длиной 750 нуклеотидов из Escherichia
coli, который кодирует периферический компонент мембранного
белка, ответственного за перенос молекулы витамина B-12.
Цифры на ветвях дерева обозначают количество нуклеотидных
замен внутри гена в пересчете на 100 н.п.
Для построения эволюционной модели,
отвечающей филогенетическому дереву, была использована
программа msbar из пакета EMBOSS.
Эта программа осуществляет случайные замены нуклеотидов
в данной последовательности.
В
последовательности исходного гена было произведено количество
мутаций, отвечающее расстоянию до каждого из узлов на
дереве.
Для
получения последовательностей был использован скрипт,
приведенный на рис. 2. В результате было получено 10 последовательностей
с произведенными случайными заменами (их названия - на
узлах филогенетического дерева).
