Исследование белка KAD_Bacsu с помощью Excel

Последовательность аминокислот

>sp|P16304|KAD_BACSU Adenylate kinase OS=Bacillus subtilis GN=adk PE=1 SV=2
MNLVLMGLPGAGKGTQGERIVEDYGIPHISTGDMFRAAMKEETPLGLEAKSYIDKGELVP
DEVTIGIVKERLGKDDCERGFLLDGFPRTVAQAEALEEILEEYGKPIDYVINIEVDKDVL
MERLTGRRICSVCGTTYHLVFNPPKTPGICDKDGGELYQRADDNEETVSKRLEVNMKQTQ
PLLDFYSEKGYLANVNGQQDIQDVYADVKDLLGGLKK

Длина последовательности: 217 а.о.
Молекулярная масса: 24078 а.е.м
См. книгу adk_aa.xls, лист aa_mass.

Аминокислотный состав

aminoacid frequencies
Самая частая аминокислота: Glycine (Глицин), 23 вхождения (11%).
Самая редкая аминокислота: Tryptophan (Триптофан), 0 вхождений (0%).
См. книгу adk_aa.xls, лист aa_frequencies.

Средний заряд молекулы белка

average charge
Средний заряд: -13e.
См. книгу adk_aa.xls, лист charge.

Сравнение гидрофобности

На графиках указано содержание аминокислотных остатков разных классов:

1: аминокислота гидрофобна
2: аминокислота гидрофильна
3: степень гидрофобности неясна

Вероятно, данный белок мембранным не является. См. книгу adk_aa.xls, лист HPhob_comparsion.

Профиль гидрофобности

Для построения профиля выбрана шкала гидрофобности Kyte&Doolittle.
График отображает суммарную гидрофобность отрезков длиной в 20 аминокислот; номер начальной аминокислоты отложен на оси Ox. hydrophobity profile
Белок однозначно не является мембранным, так как не имеет гидрофобных фрагментов.
См. книгу adk_aa.xls, лист HPhob_profile.