Исследование мотивов при помощи программы MEME

Поиск мотивов

MEME нашла максимальное заданное число мотивов, три.

Во всех?	Положение (KAD_BACSU)	P-value (KAD_BACSU)	Длина	Относит. энтропия
Да	24-73	9.7e-57	50	187.5
Да	75-115	7.4e-57	50	181.7
Да	123-172	6.5e-44	41	137.0

MSF-файл с выделенными мотивами можно загрузить.

Поиск найденных мотивов в seed с помощью MAST

Вывод MAST: mastout.html.

Мотив 1: нашелся во всех последовательностях, кроме UMPK_YEAST.
Мотив 2: 18/23.
Мотив 3: 19/23.

Все мотивы нашлись в 15 последовательностях. Выравнивание из Pfam приблизительно соответствует найденным мотивам.

Последовательность UPMK_YEAST сильно выбивается из остальных последовательностей данного seed'а, т.к. ее E-value равен 0.0014; возможно, это ошибка в Pfam.