Практикум 12. Сравнение выравниваний и структурное совмещение
Объект исследования: SH2 домен
Белки (PDB ID, цепь): 1SPS:A (Src), 1BMB:A (GRB2), 1M61:A (ZAP-70)
Задание 2. Сравнение выравниваний A (MUSCLE), B (MAFFT), C (Clustal Omega)
A (MUSCLE) vs B (MAFFT)
| № блока | Колонки в A и B | Длина |
|---|---|---|
| 1 | 1–3 | 3 |
| 2 | 8–12 | 5 |
| 3 | 56–77 | 22 |
| 4 | 81–117 | 37 |
| 5 | 123–164 | 42 |
Всего одинаковых колонок: 109 (из 261). Отдельных колонок нет.
A (MUSCLE) vs C (Clustal Omega)
| № блока | Колонки в A и C | Длина |
|---|---|---|
| 1 | 1–3 | 3 |
| 2 | 8–12 | 5 |
| 3 | 56–117 | 62 |
| 4 | 123–161 | 39 |
Всего одинаковых колонок: 109. Отдельных колонок нет.
Вывод: Оба выравнивания одинаково похожи на A по числу совпадающих позиций (109), но Clustal Omega даёт более длинные непрерывные блоки, чем MAFFT.
Гиперссылки: MUSCLE | MAFFT | ClustalO | Проект Jalview
Задание 3. Структурное выравнивание (PDBeFold) vs MSA (MUSCLE)
Изображение совмещения структур
Рисунок 1. Красный — Src (1SPS), зелёный — GRB2 (1BMB), синий — ZAP-70 (1M61). Совмещение в PyMOL.
Результат сравнения выравниваний
| PDBeFold (структурное) | MUSCLE | Длина блока |
|---|---|---|
| (1,3) | (1,3) | 3 |
| (8,12) | (8,12) | 5 |
| (125,207) | (125,207) | 83 |
Отдельные одинаково выровненные колонки: 47, 120
Всего одинаковых колонок: 93 из 259 (≈35.9%)
Обсуждение
Структурное вравнивание и выравнивание Muscle совпадают в 93 колонках из 259. Обнаружено 3 блока одинаково выровненных колонок и две отдельно выровненных колонки. процент совпадения невысокий из-за разных алгоритмов выравнивания.
Гиперссылки: MSA (MUSCLE) | Структурное выравнивание (PDBeFold) | Проект Jalview
Задание 4. Краткое описание программы MSA — MAFFT
MAFFT — программа для множественного выравнивания последовательностей.
- Режимы: L-INS-i (точный), FFT-NS-2 (быстрый).
- Доступна в Jalview:
Web Service → Alignment → MAFFT WS.
MAFFT — одна из самых быстрых и точных MSA-программ.