Практикум 2. Структуры ДНК и тРНК
Задание 1. Модели структур ДНК
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены модели
A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК. Последовательность одной из нитей представляет
собой 5 раз повторенную последовательность GATC.
Ссылки на соответствующие файлы:
Задание 2. Анализ форм ДНК
Для A-, B- и Z-форм ДНК были определены направление закручивания спирали, шаг спирали, число оснований на один виток, а также ширина большой и малой бороздок.
| Параметр | A-форма | B-форма | Z-форма |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28 | 34 | 45 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 9.6 | 20.6 | 23.5 |
| Ширина малой бороздки (Å) | 18.5 | 13.2 | 8.7 |
Таблица 1. Параметры A-, B- и Z-форм ДНК.
Для определения атомов азотистого основания, обращённых в сторону большой и малой бороздок, была использована экспериментальная структура B-ДНК 1BNA. В качестве основания был выбран гуанин DG4 цепи A.
В сторону большой бороздки обращены атомы O6 и N7. В сторону малой бороздки обращены атомы N2 и N3.
Рис. 1. Гуанин DG4 цепи A структуры 1BNA. Красным обозначены атомы O6 и N7, обращённые в сторону большой бороздки; синим — атомы N2 и N3, обращённые в сторону малой бороздки.
Задание 3. Определение параметров структур тРНК
Для анализа была выбрана структура 1EHZ. Анализ структуры был
проведён с помощью программ find_pair и analyze
пакета 3DNA.
Номера нуклеотидов, образующих стебли (stems) во вторичной структуре заданной тРНК:
- 1–7 и 72–66
- 10–13 и 25–22
- 26–30 и 44–40
- 49–53 и 65–61
Неканонические пары оснований:
- G4–U69
- 5MU54–1MA58
- PSU55–G18
- A36–U33
- A38–OMC32
- PSU39–A31
- A44–M2G26
- A14–U8
- G15–C48
- H2U16–U59
Дополнительные пары оснований, не относящиеся к стеблям и участвующие в стабилизации третичной структуры тРНК:
- 5MU54–1MA58
- PSU55–G18
- A36–U33
- A38–OMC32
- PSU39–A31
- A14–U8
- G15–C48
- H2U16–U59
- G19–C56