Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из Pfam


   В базе данных Pfam было получено изображение доменной структуры белка GLK_ECOLI, выбран один домен, и было получено эталонное выравнивание доменов, гомологичных выбранному. Затем эталонное выравнивание было сохранено в файл GLK.msf.

   Был выделен фрагмент эталонного выравнивания и сохранён в файл benchmark.msf.

   По идентификаторам UniProt из benchmark.msf были получены полные последовательности в формате Fasta. Посредством программы ClustalW было построено множественное выравнивание последовательностей из этого файла.

   А затем множественное выравнивание было сравнено с эталонным выравниванием из банка выравниваний Pfam.




   Эталонное выравнивание из банка выравниваний Pfam:

                                                                                                                                                                               
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *          
G L K _ X Y L F T _   :   L V A D I G G T N A R F A L A N P T L T S - - - A P L L N D S M R E F A V I E F P S L G E A A Q H Y L H - - H I G I H T T K - - - - G V F A   :   6 1
G L K _ X A N C P _   :   L V A D I G G T N A R F A L A D I D A S V - - - - P L L D D T C R E F A V V E F G S L G E A A R Y Y L D - - Q I G V Q A T K - - - - G V F A   :   6 0
G L K _ E R W C T _   :   L V G D V G G T N T R L A L C D A M T G E - - - - - - - L S Q I E T Y S G L D F P S L E G A I R D Y L D S R Q V T V Q D - - - - - - A C I A   :   5 7
G L K _ E C O L I _   :   L V G D V G G T N A R L A L C D I A S G E - - - - - - - I S Q A K T Y S G L D Y P S L E A V I R V Y L E E H K V E V K D - - - - - - G C I A   :   5 7
G L K _ S Y N Y 3 _   :   L A G D I G G T K T I L A L V T I N E S S P G L A R P V T L F E Q T Y S S P A F P D L V P M V Q Q F R Q E A A F V L G N P I S V A K A C F A   :   7 0
                          L     D   G G T         A L                                                         L                                                     A          
.


   Множественное выравнивание, построенное посредством программы ClustalW:

                                                                                                                                                                             
                                          *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *          
G L K _ X Y L F T   :   L V A D I G G T N A R F A L A N P T L T S - - - A P L L N D S M R E F A V I E F P S L G E A A Q H Y L H H - - - - - - I G I H T T K G V F A   :   6 1
G L K _ X A N C P   :   L V A D I G G T N A R F A L A D I D A S - - - - V P L L D D T C R E F A V V E F G S L G E A A R Y Y L D Q - - - - - - I G V Q A T K G V F A   :   6 0
G L K _ E R W C T   :   L V G D V G G T N T R L A L C D A M T G - - - - - - - E L S Q I E T Y S G L D F P S L E G A I R D Y L D S - - - - - - R Q V T V Q D A C I A   :   5 7
G L K _ E C O L I   :   L V G D V G G T N A R L A L C D I A S G - - - - - - - E I S Q A K T Y S G L D Y P S L E A V I R V Y L E E - - - - - - H K V E V K D G C I A   :   5 7
G L K _ S Y N Y 3   :   L A G D I G G T K T I L A L V T I N E S S P G L A R P V T L F E Q T Y S S P A F P D L V P M V Q Q F R Q E A A F V L G N P I S V A K A C F A   :   7 0
                        L     D   G G T         A L                                                         L                                                     A          
.


   Матрица попарной идентичности: 

            GLK_XYLFT  GLK_XANCP  GLK_ERWCT  GLK_ECOLI  GLK_SYNY3 

 GLK_XYLFT        100%                                            

 GLK_XANCP         76%       100%                                 

 GLK_ERWCT         36%        36%       100%                      

 GLK_ECOLI         37%        38%        76%       100%           

 GLK_SYNY3         27%        27%        29%        28%       100%
.    Сравнение полученных выравниваний:

   Число колонок во фрагменте из Pfam: 70;
   Сходство выравненных последовательностей соответствует числу 53/70 (0,7571).


На главную страницу второго семестра

©Дмитрий