Матрицы переходов глобального и локального выравниваний

Глобальное выравнивание

Были выравнены две аминокислотные последовательности: MTKY и CSAKY. Выравнивание было проведено посредством программы Excel по алгоритму Нидельмана-Вунша. Работу можно увидеть в файле Matrix.xls во вкладке "Global".

Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:

 M T - K Y
 C S A K Y.

Вес выравнивания равен 0.

По схеме переходов выравнивания могут быть получены несколько выраниваний с одним весом.
Например, выравнивание

 - M T K Y
 C S A K Y

также имеет вес равный 0.

При построении выравнивания использовались следующие параметры:
вес совпадения = 2, вес замены = –1, штраф за гэп = –2.

Локальное выравнивание

Были выравнены те же аминокислотные последовательности, что и в глобальном выравнивании: MTKY и CSAKY. Но оно строилось по алгоритму Смита-Ватермана. Выравнивание можно увидетьв файле Matrix.xls во вкладке "Local".

Получившийся результат:

 K Y
 K Y.

Вес выравнивания равен 0.

На главную страницу второго семестра