Программы выравнивания
Сначала были подготовлены три файла с аминокислотными последовательностями в FASTA формате, используемые в дальнейшей работе:
GLK_ECOLI.fasta
GLK_SALTY.fasta
thirdprot.fasta
Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов)
Глобальные выравнивания последовательностей из файлов GLK_ECOLI.fasta и GLK_SALTY.fasta были построены посредством программ needle и water. Результаты работ программ отличаются лишь содержащимся названием программ, которыми были построены выравнивания.
Length: 321
Identity: 301/321 (93.8%)
Similarity: 313/321 (97.5%)
Gaps: 0/321 ( 0.0%)
Score: 1597.0
Результаты работы программы:
1to2.needle
1to2.water
Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки
Программами needle и water первый участок аминокислотной последовательности белка был выравнен абсолютно верно, а второк участок последовательности, не отделяясь от первого, был выравнен неверно. Были найдены 4 одинаковые аминокислоты и 1 схожая по свойствам (из 12).
При этом существует участок последовательности белка, полностью совпадающая со вторым участком последовательности из файла thirdprot.fasta.
Эту ошибку можно исправить, понизив штраф за продолжение гэпа, например до 0.1, а штраф за открытие гэпа либо не изменять, либо повысить.
Программа needle доставила гэпы к последовательности из 24 аминокислот, а программа water гэпы не доставила. Поэтому вес выравнивания полученный в needle меньше, чем в water.
Программа matcher построила 3 выравнивания. Первые два представляют собой выравнивания первой и второй частей по отдельности. Третье выравнивание оказалось ошибочно.
Причём выравнивание с лучшим весом состоит из 12 аминокислот, а выравнивание со вторым по порядку весом состоит из 14 аминокислот.
14-ая аминокислота совпала случайно, а 13-ая не совпала, поэтому взымается штраф за пропуск аминокислоты,
и вес этого выравнивания немного меньше первого.
Результаты работы программы:
1to3.needle
1to3.water
1to3.matcher
Параметры программ построения выравниваний
Штраф за продолжение гэпа равен 1, т. е. фиксирован. А штраф за открытие гэпа варьируется. Если он небольшой, равен 1, тогда программа разбивает непрерывную последовательность из белка на несколько частей. При увеличении штрафа за открытие гэпа до 5, уменьшается количество отдельных гэпов, последовательность разбивается на меньшее количество частей. Если штраф поставить ещё большим, равным 10, то программа стремится сделать количество отдельных гэпов минимальным.
Результаты работы программы:
1to3_1_1.needle
1to3_5_1.needle
1to3_10_1.needle
Карта локального сходства
Результатом работы программы dotmatcher является выравнивание, представленное в графическом виде. Эта программа имеет определённые параметры, задавая которые, можно получать различные варианты выравниваний.
Параметрами программы dotmatcher являются рамер окна (по умолчанию 10) и порог суммарного веса (по умолчанию 23).
При увеличении первого параметра полосы, являющиеся отображением выравнивания, увеличились; при уменьшении, наоборот, стали меньше.
Небольшое увеличение второго параметра, порога на суммарный вес, не даёт видимых изменений на графике, но когда оно становится значительным, т. е. когда порог на суммарный вес превосходит определённую величину, выравнивание на графике не отображается. При уменьшении этого параметра количество отображаемых выраниваний увеличивалось, что является логичным, количество полос на графике увеличивается.
Результат работы программы:
dotmatcher.ps.
На главную страницу второго семестра
©Дмитрий