Выравнивание вручную
В файле first_aln.txt представлено выравнивание двух последовательностей.
В качестве первой последовательности были взяты первые 60 букв из последовательности белка GLK_ECOLI,
в качестве второй — её искуственно измененный вариант.
Изменить это выравнивание так, чтобы его вес увеличился нельзя. Т. к. при дальнейших изменениях
выравнивания и сдвигах двух данных последовательностей относительно друг друга обязательно нарушится
выравнивание таких блоков, как
1)NAR LALCD IASGE ISQAK TYSGL DYP
2)IRVYL EEHK
3)V EVKDG C,
и тогда вес выравнивания очень сильно уменьшится.
Можно поменять местами некоторые гэпы и некоторые совпадающие буквы, но это также не увеличит вес выравнивания.
С помощью редактора GeneDoc было построено выравнивание аминокислотных последовательностей белка GLK_ECOLI из организма E.coli
и его гомолога, выполняющего сходную функцию, белка GLK_YERPE из организма Yersinia pestis.
Выравнивание представлено в файле second_aln.msf.
На главную страницу второго семестра
©Дмитрий