К списку протоколов занятий второго семестра

Протокол к занятию №2 (Банки Swiss-Prot и UniProt)

С формулировкой задания можно ознакомится тут

Обязательные задания

№1+№1.add

Метка поля Белок 1 Белок 2
Код(ы) доступа ("Accession number") AC P00452; P78088; P78177 P37426
Идентификатор записи в БД ID RIR1_ECOLI RIR1_SALTY
Название (краткое описание) белка DE Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha (EC 1.17.4.1) (Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 R1 subunit) (Ribonucleotide reductase 1) (B1 protein) Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha (EC 1.17.4.1) (Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 R1 subunit) (Ribonucleotide reductase 1) (B1 protein).
Дата создания документа DT 21-JUL-1986 01-OCT-1994
Дата последнего исправления аннотации DT 09-JAN-2007 23-JAN-2007
Название организма OS Escherichia coli Salmonella typhimurium
Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella.
Длина последовательности SQ 761 761
Молекулярная масса белка SQ 85775 MW 85736 MW
Число публикаций, использованных при создании документа RN 13 1
Журнал и год самой поздней публикации RL J. Mol. Biol. (1999). J. Bacteriol. 176:3420-3427(1994).
Описание вторичной структуры FT Имеется. Состоит в перечислении аминокислотных остатков, образующих вторичные структуры. Не имеется.
Ключевые слова KW 3D-structure; Allosteric enzyme; Alternative initiation; ATP-binding; Complete proteome; Direct protein sequencing; DNA replication; Nucleotide-binding; Oxidoreductase. Allosteric enzyme; ATP-binding; Complete proteome; DNA replication; Nucleotide-binding; Oxidoreductase
Что содержит поле комментариев? СС Содержит следующую информацию: функция белка; каталитическая активность; регуляция белка, как фермента; путь;альтернативные продукты; сходство; информация о субъединицах; PTM; MISCELLANEOUS(разное). Содержит следующую информацию: функция белка; каталитическая активность;путь; сходство; информация о субъединицах;разное
Особенности последовательности FT Имеется информация о том какие аминокислотные остатки входят в активный центр, и какую функцию они там выполняют, например являются переносчиками электронов или акцепторами протонов. В структуре имеется один дисульфидный мостик. Также имеются участки, способные вступать во взаимодействие с тиоредоксином/глутаредоксином. Имеется информация о том какие аминокислотные остатки входят в активный центр, и какую функцию они там выполняют, например являются переносчиками электронов или акцепторами протонов. В структуре имеется один дисульфидный мостик. Также имеются участки, способные вступать во взаимодействие с тиоредоксином/глутаредоксином.
Идентификаторы записей PDB DR 1QFN,1R1R,1RLR,2R1R,3R1R,4R1R,5R1R,6R1R,7R1R -

Данные белки очень похожи: у них идентичные функции, о чем говорит поле DE; одинаковое число а/к остатков; практически равная
молекулярная масса; почти одинаковые особенности последовательности. Данные последовательности практически идентичны,
однако белок RIR1_SALTY изучен хуже, так как для него нет описания вторичной структуры, а также не получена его пространственная
структура. Однако если два данных белка настолько похожи, то, возможно, его более тщательное исследование и не требуется.

№2

Запрос Число записей в SwissProt Число записей в TrEMBL
Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha 23 153
Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 R1 subunit 40 14
Ribonucleotide reductase 1 146 579
EC 1.17.4.1 140 756

Дополнительные задания

№1(№3 в списке заданий)

C анотацией, на которую ссылается SwissProt, можно ознакомится здесь.
Как я понял, в ней говорится о том, что была найдена нуклеотидная последовательность ДНК Escherichia coli K-12, кодирующая структурные гены субъединиц рибонуклеотидных дифосфат редуктаз. Открытая рамка считывания между 3506 и 5834 нуклеотидами, кодирующая полипептид, состоящий из 776 а/к остатков и имеющий молекулярный вес 87,532, обозначена геном nrdA. Открытая рамка считывания между 6012 и 7139 нуклеотидами, кодирующая полипептид, состоящий из 375 а/к остатков и имеющий молекулярный вес 43,466, обозначена геном nrdB. Данные последовательности представляют собой интерес не только как первичная структура данных субъединиц, но и как возможный объект для исследования предполагаемых регуляторных участков.

Этот же протокол, только в формате DOC и без дополнительных заданий, находится здесь.

©:Сорокин Максим