Информация о бактерии Bifidobacterium adolescentis
Описание генома бактерии Bifidobacterium adolescentis штамм ATCC 15703
Бактерия B.adolescentis штамм ATCC 15703 относится к грамм-положительным бактериям, т.е. её внешняя оболочка представлена одной мембраной. Представителей рода Bifidobacterium, в том числе и штамм ATCC 15703, можно найти в желудочно-кишечном тракте насекомых, животных и человека [1].
Геном бактерии B.adolescentis, штамм ATCC 15703, состоит из одной хромосомы. Он описан в записи NC_008618.1 базы данных RefSeq. Длина генома – 2 089 645 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК.
По данным из записи NC_008618.1, в геноме закодировано 1 702 гена. Из них 1 632 кодируют белки, остальные 70 кодируют РНК. Псевдогенов - генов, которые в процессе эволюции перестали экспрессировать белок, не обнаружено.
Описание оперона АТФ-синтазы в геноме B.adolescentis штамм ATCC 15703
АТФ-синтаза – это белок, состоящий из множества субъединиц, который осуществляет синтез АТФ за счёт энергии электрохимического потенциала. У бактерий он встроен в цитоплазматическую мембрану.
Часто контроль экспрессии функционально связанных белков (таких, например, как субъединицы АТФ-синтазы) у прокариотических организмов может осуществляться за счёт их совместной транскрипции. В этом случае можно сказать, что гены образуют оперон [2].
У B.adolescentis штамм ATCC 15703 можно найти ген atpA (идентификатор YP_910292.1), кодирующий
α-субъединицу АТФ-синтаз. В окрестности гена atpA есть гены, которые имеют то же направление считывания и кодируют белки других субъединиц АТФ-синтазы. Гены, со-направленные с atpA представлены на рис.1 и охарактеризованы в таблице 1.
Рис. 1. Окрестность гена atpA (идентификатор YP_910292.1) в геноме B.adolescentis штамм ATCC 15703 (идентификатор записи RefSeq NC_008618.1). Приведен участок хромосомы с координатами 1796561..51813422. Ген atpA выделен чёрной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Стоит заметить, что существует несколько типов АТФ-синтаз. У B.adolescentis встречается АТФ-синтаза типа FOF1.
| Номер гена |
Начало | Конец | Ориен- тация |
Межгенное расстояние |
Продукт | Перевод |
| 1 | 1 809 333 | 1 810 367 | -1 | - | homoserine O-succinyltransferase | гомосерин-о-сукцинилтрансфераза |
| 2 | 1 808 032 | 1 808 841 | -1 | 491 | FOF1 ATP synthase subunit A | Субъединица A АТФ-синтазы типа FOF1 |
| 3 | 1 807 748 | 1 807 975 | -1 | 56 | ATP synthase subunit C | Субъединица С АТФ-синтазы |
| 4 | 1 807 167 | 1 807 688 | -1 | 59 | FOF1 ATP synthase subunit B | Субъединица B АТФ-синтазы типа FOF1 |
| 5 | 1 806 310 | 1 807 137 | -1 | 29 | FOF1 ATP synthase subunit delta | Субъединица δ АТФ-синтазы типа FOF1 |
| 6 | 1 804 610 | 1 806 238 | -1 | 71 | FOF1 ATP synthase subunit alpha | Субъединица α АТФ-синтазы типа FOF1 |
| 7 | 1 803 686 | 1 804 606 | -1 | 4 | FOF1 ATP synthase subunit gamma | Субъединица γ АТФ-синтазы типа FOF1 |
| 8 | 1 802 193 | 1 803 677 | -1 | 8 | FOF1 ATP synthase subunit beta | Субъединица β АТФ-синтазы типа FOF1 |
| 9 | 1 801 915 | 1 802 193 | -1 | 0 | FOF1 ATP synthase subunit epsilon | Субъединица ε АТФ-синтазы типа FOF1 |
| 10 | 1 801 061 | 1 801 765 | -1 | 149 1 | hypothetical protein | Гипотетический белок |
Исходя из данных таблицы 1 оперон состоит из восьми генов, кодирующих субъединицы АТФ-синтазы. В оперон также могут входить, но с меньшей вероятностью, ген гомосерин-о-сукцинилтрансферазаы и ген, кодирующий неизвестный белковый продукт (соответственно гены номер один и десять в таблице 1). Вывод о составе оперона можно сделать на основании величин межгенных расстояний. Расстояние для гена гомосерин-о-сукцинилтрансферазы и гена субъединицы A АТФ-синтазы, а также для гена с неизвестным белковым продуктом и гена белка субъединицы ε АТФ-синтазы, больше, чем для генов, кодирующих исключительно субъединицы АТФ-синтазы.
Источники
[1] Duranti S et al. Exploration of the genomic diversity and core genome of the Bifidobacterium adolescentis phylogenetic group bymeans of a polyphasic approach Appl Environ Microbiol. 2013 79(1):336-46.
[2] XuMuK.ru http://www.xumuk.ru/biospravochnik/688.html