Учебный сайт Лозинского Ярослава

Страница семестров

• Первый
• Бактерия Bifidobacterium adolescentis штамм ATCC 15703
• Белок pheA
• Скрипт Python
• Второй
• Пространственная структура белка pheA
• Внутримолекулярные взаимодействия в белке pheA
• Взаимодействия белка pheA с лигандом
• Сравнение пространственной структуры белков
• Использование "advanced search" в PDB
• Поиск статей в PubMed
• База данных UniProt
• База данных UniProt. Поиск по аннотации
• Выравнвиание последовательностей. Гомология.
• Выравнвиание последовательностей. Предсказание парных выравниваний.
• BLAST
• PSI-BLAST
• Множественные выравнивания
• ProSite
• Третий
• ChemSketch
• A-, B-, Z-формы ДНК
• Комплексы ДНК-белок
• Банки данных нуклеотидов
• EMBOSS
• оналйн BLAST
• standalone BLAST
• Предсказание генов прокариот
• Предсказание генов эукариот
• Анализ качества чтений
• Картирование на референсный геном
• Однонуклеотидные полиморфизмы, индели и сборка
• Четвёртый
• Филогенетические деревья
• Укоренение в среднюю точку
• Ферменты. База KEGG. KEGG ORTHOLOGY
• База данных STRING
• Трансмембранные белки
• Домены
• Поиск последовательностей Шайн-Дальгарно
• Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги
• Поиск регуляторных мотивов
• Седьмой
• Отображение электронной плотности
• Восстановление электронной плотности
• Изучение файла структурных факторов
• Восстановление кристалла
• Сравнение структур, полученных с помошью ЯМР и РСА
• Расчёт вторичных структур
• Совмещение структур
• Поиск гидрофобных кластеров
• Построение поверхности
• Сравнение доменов
• Advanced Search в PDB
• Отчёт по валидации структуры белка 1S4I