Сравнение пространственной структуры белков
Сравнение структуры белка pheA (идентификатор PDB 3LYY) и белка pheA (идентификатор PDB 3MWB)
Поиск белков со схожей структурой осуществлялся с помощью сервиса PDBeFold. Параметры поиска стандартные. Сервисом PDBeFold было проанализировал 95775 PDB-файлов и 247218 белковых цепочек. В итоге было выбрано 6 белков, чья структура наиболее сходна со структурой белка pheA (идентификатор 3LUY). Таблицу с параметрами найденных белков можно найти по следующей ссылке: таблица 1 (получена, с помощью ресурса PDBeFold).
Для анализа была выбрана B цепь белка с идентификатором 3MWB. В таблице 2 перечислены его основные параметры. При выборе были учтены следующие параметры: процент совпадающих аминокислотных остатков (%seq) - 92, разрешение, с которым была получена структура (RMSD) - 1.91 Å, число сопоставленных альфа-атомов (N_align) - 245. PDB-файл для данного белка можно найти по следующей ссылке:3MWB.pdb.
| Вид информации | Значение |
| Match | 3mwb:B |
| Title | THE CRYSTAL STRUCTURE OF PREPHENATE DEHYDRATASE IN COMPLEX WITH L-PHE FROM ARTHROBACTER AURESCENS TO 2.0A |
| N_align | 245 |
| RMSD | 1.91 Å |
| N_g | 10 |
| %sse | 79 |
Выбранный для сравнения белок, как было сказано выше, имеет идентификатор 3MWB, принадлежит организму Arthrobacter aurescens штамм TC1. Название белка – префенат дегидрогеназа (prephenate dehydratase). Организм Bifidobacterium adolescentis и Arthrobacter aurescens штамм TC1 являются представителями одного типа Actinobacteria (актинобактерии).
Из названий белков организмов следует, что они выполняют различные функции. Они даже принадлежат к различным классам ферментов: хоризмат мутаза – изомераза, префенат дегидрогеназа – лиаза. Но стоит заметить, что оба белка могут быть элементами одного метаболического пути: префенат является конечным продуктом реакции, катализируемой хоризмат мутазой, и субстратом для префенат дегидрогеназы.
Фрагмент совмещённой структуры белков изображены на рис.1.
Более наглядное совмещение углеродных атомов белковых структур можно увидеть на рис.2.С помощью следующих команд JMOL было найдено геометрическое ядро совмещённой структуры (число атомов, находящихся на определённом расстоянии от соответствующей цепочки):
select within (3.0, strainA and :A.CA) and strainB and :B.CA select within (3.0, strainB and :B.CA) and strainA and :A.CAгде strainA и strainB атомы, принадлежащие выделенному участку. Оно состоит из 29 атомаов.
