Остовые водородные связи белка pheA
Водородные связи в α-спирали
Рассмотрим водородную связь меду двумя атомами в составе α-спирали (рис.1). В данном случае донор водорода – атом азота аминокислотного остатка аспарагиновой кислоты (номер остатка 224), а акцептор – атом кислорода аминокислотного остатка аланина (номер остатка 220). Разница между номерами остатков, участвующих в образовании одной водородной связи равна четырём. Расстояние между данными атомами – 2.93 Å.
Водородные связи в β-листей
Рассмотрим водородные связи в β-листе (рис.2). Аминокислотные цепочки ориентированы друг относительно друга антипараллельно. Но при этом достигается большая прочность связей, чем при параллельной ориентации, за счёт их большего числа на единицу длины.
Определение шага и числа остатков на виток одной α-спирали
Шаг спирали – 6.19 Å. Было выбрано измерение, параллельное оси α-спирали. Изображение α-спирали приведено на рис.3. Спираль содержит 38 атомов в главной цепи. Чтобы уменьшить погрешность, связанную с изменением конформации α-спирали на её концах, длина cпирали была измерена по 34 атомам и оказалась равной 19.45 Å. Следовательно этот участок спирали содержит 13.33 аминокислоты (34/3) и 3.14 витков (19.45/6.19). В результате получаем 3.6 аминокислот на виток.
