Внутримолекулярные взаимодействия боковых радикалов белка pheA
Солевые мостики
Аминокислотные остатки, участвующие в образовании солевых мостиков в белке pheA изображены на рис.1. Данное изображение было получено при помощи модификации скрипта «atom-types», любезно предоставленного нашими преподавателями. Ниже приведены дополнительные команды, необходимые для поиска солевых мостиков.
within(GROUP,within(3.5, hbpositive) and hbnegative)or within(GROUP,within(3.5, hbnegative) and hbpositive)
Рассмотрим солевой мостик между двумя аминокислотными остатками. Его графическое изображение представлено на рис.2. В качестве доноров протонов выступают E и H2 атомы азота (за А-атом принимают альфа-атом) аминокислотного остатка аргинина 239. В качестве акцепторов протонов выступают D1 и D2 атомы кислорода аминокислотного остатка аспарагиновой кислоты 74. Расстояние между NE и OD1 атомами 3.31 Å, а между NH и ОD2 атомами 3.01 Å
Водородная связь, которая не является солевым мостиком
Водородная связь, которая не является солевым мостиком (рис.3), была найдена между H1 атомом азота остатка аргинина (номер 122) и A атомом кислорода (входит в состав пептидной связи) остатка аспарагина (номер 171). Длина связи 3.04 Å
Водяные мостики
В данном подразделе рассмотрим связи типа «белок–молекула воды–белок». Условимся называть такие связи водяным мостиком. На рис.4 изображён пример такой связи между карбоксильной группой остатка лейцина (номер 144) и карбоксильной группой аргинина (номер 142). Угол между атомами кислорода воды и аминокислотных остатков равен 109.3o. Расстояние от остатка лейцина до атома кислорода молекулы воды равно 0.3 Å, а от остатка аргинина 2.76. Å
Для поиска потенциальных водяных мостиков была использована следюущая команда, где "haprot" и "hdprot" молекулы, которые могут выступать, соответственно, в роли акцептора и донора протона:
within(GROUP,within(3.5,hoh) and haprot) or within(GROUP,within(3.5,hoh) and hdprot)
Дисульфидные мостики
Изображение дисульфидного мостика между двумя остатками цистеина 141 и 156 представлено на рис.5. Двугранный угол между связями сера-углерод равен 81.6о. Расстояние между атомами составляет 3.6 Å
