Построение множественных выравниваний
Выбор последовательностей для выравнивания
Для анализа было выбрано выравнивание последовательностей, гомологичных белку pheA организма B. Adolescentis (идентификатор UniProt A1A2B4 ), полученных с помощью Blast. Оно включает 9 белков, не считая сам белок, со значениями E-value 6*10-138-7*10-80, идентичностью порядка 46-64% и покрытием 82-94%. Для поиска гомологов была использована база данных RefSeq.
Выравнивание с помощью muscle
С помощью клиента Putty был получен доступ к программе muscle на сервере kodomo. Для построения выравнивания была введена следующая команда:
muscle-in seqdump.txt -out muscle_aligment.fasta.Полученное выравнивание в формате fasta можно скачать по следующей ссылке: muscle_aligment.fasta.
Выравнивание на сайте Blast
Второе выравнивание было получено с помощью сервиса Multiple Aligment на сайте программы BLAST. Скачать его можно по ссылке.
Сравнение полученных выравниваний
Для построения выравнивания двух выравниваний была опять же использована программа muscle сервера kodomo. Была введена команда:
-profile -in1 R3V17A4Z211-alignment.fasta -in2 muscle_aligment.fasta -out aligment3.fasta
Выравнивания практически не отличаются друг от друга, за исключением крайних областей, где количество совпадающих позиций невелико. Крупные блоки выделены одинаково в обоих выравниваниях (выравнивания совпадают в 29-284, 304-308, 313-323, 362, 367-379, 385-386, 396-399, 408-412 позициях). При уровне консервативности 70% выделенные блоки абсолютно совпадают для обоих выравниваний. Ознакомиться с выравниваниями можно на рис. 1 и рис. 2.
Проект с выравниваниями можно скачать по следующей ссылке.
Поиск доменов в Pfam
С помощью сервиса Pfam в белке pheA организма B. adolescentis быы найден домен PDH (18-278 аминокислотные остатки в данном белке). Всего в базе данных существует 4258 последовательностей с доменом PHD. Seed-выравнивание десяти из них доступно по следующей ссылке.