Учебный сайт Лозинского Ярослава

BLAST

Поиск гомологов белка хоризмат мутазы (идентификатор UniProt A1A2B5_BIFAA) с помощью программы protein blast

Параменты поиска гомологичных последовательностей были выбраны по умолчанию. Среди результатов поиска была выбрана последовательность белка хоризмат мутазы организма Gardnerella vaginalis. Информация о степени гомологичности найденного белка по отношению к данному представлена в таблице 1. Расшифровка столбцов таблицы приведена ниже.

Descriprion - описание найденной белковой последовательности; Max score - максимальный вес выравнивания участка последовательности данного белка и участка последовательности белка из базы данных, в которой ведётся поиск;
Total score - суммарный вес выравнвианий участков найденной последовательности, гомологичных определённым участкам данной последовательности. Соответственно, значение Max score отличается от значения Total score, если таких участков (matches) несколько;
Query cover - процент от длины последовательности данного белка, для которого были выявлены гомологичные участки в найденной последовательности. Если участков гомологии несколько, то процент суммируется;
E-value - ожидаемое количество последовательностей с данным либо большим весом выравнивания.

Выравнивание для данного белка и найденного гомолога:

Query  41   DDVPQILDAAQHGDGWGIVAWENNVEGYVVPNLDALIDAKDLVGFARVGVNVEFDAYVAQ  100
            ++V  I    +    WG++AWENN+EG V+PNLD LIDAK++VG AR+GV++ FDA V +
Sbjct  9    ENVLSIASEIEEHHHWGVIAWENNIEGVVIPNLDLLIDAKNMVGIARIGVDISFDAVVCK  68

Query  101  GADPAEARIATAHPHGLAQCKRFIAEHRLSTQPATSNAAACRDLIPGEIAFGPAICGELY  160
                       AHPH LAQC++F  E  L  + A+SNAAACRDL+PGE+A  P IC +LY
Sbjct  69   SDSIDNCSTIVAHPHALAQCRKFSQERGLQEKTASSNAAACRDLVPGEVALCPKICADLY  128

Query  161  DITRIGTAIQDYQGAATDFLVLSPRAEVARLLAKPRAEANVEYESVLTLIPLVTGPGVLA  220
            +   +  A++D+ GA T+FLVL+PR +    +   R E    + S++  IP  TG GVLA
Sbjct  129  NRQIVSEAVEDFSGARTEFLVLAPRDQALDFVNVQR-ENFSSFSSIIAFIPRSTGAGVLA  187

Query  221  NLLDVFRDAGLNMTSFISRPIKGRTGTYSFIVTLDAAPWEERFRDALVEIAEHGDWAKTL  280
            NLLDV RD GLNMTSF+SRPIKG+ G YSFI T+DAAPW+   +  + E+ EHGDW + L
Sbjct  188  NLLDVVRDHGLNMTSFMSRPIKGQDGLYSFIATVDAAPWDSTCKAMIQEVVEHGDWVRVL  247

Query  281  AVYPRREHPNPPVTSWMLPQGGVRLDDSHLPDDWQNDETVR--RELMW  326
            AVY   +  NP +  WMLP GGV ++ S   D  +N   +R  REL+W
Sbjct  248  AVYSSDKRENPVMNDWMLPHGGVCVEPS--VDALRNLNVMRAERELLW  293 

Участок сходства имеет координаты 41-326 для последовательности хоризмат мутазы B. adolescentis и 9-293 для наденной. Найденная последовательность имеет длину 293 аминокислотных остатка. Протяжённость выравнивания 288 остатков. Примерно 97% длины найденной последовательности было выровнено с участком query последовательности хоризмат мутазы B. adolescentis. 141 (49% от числа позиций выравнивания) остатков найденной последовательности идентичны остатками последовательности хоризмат мутазы B. adolescentis, сходных остатков 47 (16% от числа позиций выравнивания).

Постройте карту локального сходства между query и выбранной находкой

С помощью одного из сервисов BLAST была построена карта локального сходства участка query и участка найденной последовательности (рис. 1). Из dot-матрицы видно, что последовательности обладают высоким уровнем сходства, за исключением небольших участков в началае и конце выравнивания.

Поиск гомологов последовательности хоризмат мутазы B. Adolescentis в Uniprot/SwissProt

Среди белков представителей эукариот гомологов данного белка найдено не было. Дальнейший поиск гомологов был произведён среди белков представителей типа Actinobacteria. Было найдено 13 последовательностей, для которых величина E-value имеет значение менее 0.001. Скриншот с результатами поиска представлен на рис. 2.

Было сохранено выравнивание 13 найденных последовательностей. Выравнивание представлено на рис. 3 и рис. 4. Всего было найдено 64 (19% от длины выравнвиания) абсолютно консервативные позиции (рис. 1). Некоторые колонки были выделены программой Jalview, несмотря на то, что не все аминокислоты в этой позиции совпадают. Такие колонки не учитывались.

Было найдено 75 (22% от длины выравнивания) функционально консервативных позиций (рис. 2).

По результатам множественного выравнивания (а также на основании рис. 2) нельзя сделать вывод о гомологии последовательностей из-за более низкого процента совпадающих аминокислотных остатков, чем при парном выравнивании каждой из них с последовательностью белка хоризмат мутазы. Хотя, парное выравнивание первых двух последовательностей из 13 найденных последовательностей даёт результат порядка 75% идентичных аминокислотных остатков. Этот факт указывает на то, что найденные последовательности гомологичны различным участкам данной.

Поиск гомологичных нуклеотидынх последовательностей

Всего было найдено 10 гомологичных нуклеотидных последовательностей белка хоризмат мутазы, не считаю последовательность гена самого белка. Порог на E-value и таксон выставлен не был. Результаты поиска представлены на рис. 5.